Stratégie de surveillance génomique des agents pathogènes dans les eaux usées - CLIMPATHIC
Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique
Finalité de l'étude
Objectifs poursuivis
Domaines médicaux investigués
Bénéfices attendus
Contexte de l’étude :
Le changement climatique a une influence majeure sur la propagation et la (ré)émergence des agents pathogènes, ce qui constitue un risque important pour la santé publique. Le norovirus est un virus très contagieux qui est généralement associé à des épidémies de gastro-entérite et dont la présence dans les eaux usées est fortement suspectée en raison de sa voie de transmission fécale-orale. La dengue, quant à elle, est mentionnée comme importante à suivre dans le contexte du changement climatique et peut également être trouvée dans les eaux usées.
L’objectif principal de cette étude est de développer une stratégie de surveillance génomique des pathogènes dans les eaux usées dans le contexte du changement climatique. La preuve du concept sera faite grâce à la détection et la caractérisation du norovirus et du virus de la dengue dans les eaux usées collectées.
En Nouvelle-Calédonie, les échantillons de selles, d’urines et/ou de sérums de patients hospitalisés au Centre Territorial Hospitalier (CHT) Gaston-Bourret, avec un diagnostic confirmé de gastroentérite virale à norovirus ou de dengue, seront utilisés afin de corréler les virus des cas hospitalisés aux virus détectés dans les eaux usées du CHT. En complément, des prélèvements d’eaux usées auront lieu sur une station d’épuration de la ville de Nouméa, reflet du suivi en population générale.
Cette étude pilote de surveillance génomique des pathogènes dans les eaux usées sera réalisée dans le cadre d’un projet avec d’autres partenaires Sciensano (Bruxelles, Belgique) et l’Institut Pasteur du Cambodge.
Objectifs de l’étude :
- Détecter et caractériser le norovirus et le virus de la dengue dans des prélèvements d’eaux usées réalisés sur deux sites de collection : un site hospitalier (CHT) et une station d’épuration municipale à l’Anse Vata (Nouméa) et les comparer aux virus extraits à partir des échantillons de selles, d’urines et/ou sérums provenant de patients ayant consulté au CHT
- Corréler les données de la surveillance des eaux usées à celles des cas cliniques diagnostiqués au CHT
Données utilisées
Catégories de données utilisées
Source de données utilisées
Autre(s) source(s) de donnée(s) mobilisée(s)
Appariement entre les sources de données mobilisées
Plateforme utilisée pour l'analyse des données
Acteurs finançant et participant à l'étude
Responsable(s) de traitement
Type de responsable de traitement 1
Responsable de traitement 1
Localisation du responsable de traitement 1
Représentant du responsable de traitement 1
Calendrier du projet
Base légale pour accéder aux données
Encadrement réglementaire
Durée de conservation aux fins du projet (en années)
4
Existence d'une prise de décision automatisée
Fondement juridique
Article 6 du RGPD (Licéité du traitement)
Article 9 du RGPD (Exception permettant de traiter des données de santé)
Transfert de données personnelles vers un pays hors UE
Droits des personnes
Les patients venant consulter au Centre Hospitalier Territorial de Nouvelle-Calédonie et diagnostiqués, souffrant d’une gastroentérite virale à norovirus ou d’une dengue se verront proposer de participer à l’étude. Une note d’information spécifique à l’étude CLIMPATHIC leur sera envoyée par courrier après leur diagnostic par le CHT. Ils seront informés via cette note d’information que, s’ils ne s’opposent pas, leurs selles dans le cas des norovirus ou leurs urines/sérums dans le cas de dengue et les données pseudonymisées liées aux prélèvements seront transmises à l’Institut Pasteur de Nouvelle-Calédonie.
Dans le cas des patients mineurs, au moins un des deux titulaires de l’autorité parentale aura la possibilité de s’opposer à l’utilisation secondaire des reliquats de selles ou de sérum / urines de l’enfant.
Les personnes peuvent s'opposer à l'utilisation de leurs données et de leurs échantillons à des fins de recherche auprès du médecin du CHT les ayant reçu lors de leur consultation ou auprès du dpo de l'Institut Pasteur par courrier et par mail.