Intérêt du séquençage sans a priori des microorganismes dans la détection des épidémies
Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique
Finalité de l'étude
Objectifs poursuivis
Domaines médicaux investigués
Bénéfices attendus
La gestion des phénomènes épidémiques nosocomiaux, c’est-à-dire la détection, l’investigation et la prise en charge des épidémies intra-hospitalières constitue une part importante des actions visant à la qualité et à la sécurité des soins. Ces phénomènes de transmission intra-hospitalière impliquent des bactéries hospitalières souvent résistantes aux antibiotiques et, pendant les saisons automnales et hivernales, les virus respiratoires. L’approche conventionnelle d’identification de ces phénomènes épidémique et des évènements de transmission croisée associés est basée sur des alertes ascendantes (provenant des laboratoires de microbiologie ou des services cliniques) vers les équipes opérationnelles d’hygiène (EOH) / de prévention du risque infectieux (EPRI). Celles-ci déclenchent une investigation épidémiologique et, le cas échéant, demandent une comparaison génomique des souches. Cette stratégie historique a plus de 150 ans (Peacok et al. 2018).
Objectifs:
1. Evaluer la faisabilité logistique de la mise en
Données utilisées
Catégories de données utilisées
Autre(s) catégorie(s) de donnée(s) utilisée(s)
Souches bactériennes et virales des espèces définies isolées dans le cadre des soins courants dans 3 services des 3 centres participants pendant la période d’inclusion (15 janvier 2024 – 15 avril 2024).
Grippe, VRS, SARS CoV-2.
Souches provenant de prélèvements à visée diagnostique :
Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae; Pseudomonas aeruginosa, Clostridium difficile.
Souches provenant de prélèvements à visée diagnostique et de prélèvements de dépistage :
Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline, Entérobactérie productrice de carbapénémase , Enterococcus faecium résistant à la vancomycine.
Source de données utilisées
Appariement entre les sources de données mobilisées
Plateforme utilisée pour l'analyse des données
Acteurs finançant et participant à l'étude
Responsable(s) de traitement
Type de responsable de traitement 1
Responsable de traitement 1
Localisation du responsable de traitement 1
Représentant du responsable de traitement 1
Responsable(s) de mise en oeuvre non cités comme responsable de traitement
Responsable de mise en oeuvre non cité comme responsable de traitement 1
Calendrier du projet
Base légale pour accéder aux données
Encadrement réglementaire
Durée de conservation aux fins du projet (en années)
15
Existence d'une prise de décision automatisée
Fondement juridique
Article 6 du RGPD (Licéité du traitement)
Article 9 du RGPD (Exception permettant de traiter des données de santé)
Transfert de données personnelles vers un pays hors UE
Droits des personnes
Les patients concernés seront informés par courrier adressé par voie postale. Ce courrier comprendra la note d'information du projet (objectif du projet, calendrier, données utilisées, sécurisation des données, analyses réalisées, résultats attendus, droits du patient). Il leur sera précisé que leur participation à l'étude, s'ils le souhaitent. En cas de non opposition du patient dans un délai d'un mois après une sollicitation par courrier postal les données des patients pourront être recueillies pour la recherche.