Evolution des infections à Staphylocoque doré au CHU de Besançon sur une période de 14 ans

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Finalité de l'étude

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

S. aureus est la deuxième bactérie la plus fréquente responsable de bactériémie. Elle se complique dans 10 à 40% des cas avec notamment des infections de matériels étrangers (valves prothétique, prothèse articulaire, prothèse vasculaire…). De plus en plus de patients ont recours à la mise en place de matériel étranger du fait du vieillissement de la population mais également de l’évolution des matériaux utilisés, des techniques de poses moins invasives et également des indications rendant ces patients plus susceptibles à des infections à S. aureus compliqués.
L’incidence des bactériémies à S. aureus augmente depuis de nombreuses années. Par exemple au CHU de Besançon, l’incidence est passée de 0.25 à 0.32/1000 patients jours de manière régulière de 2010 à 2017 (Sauget et al. 2019).
Le clone S. aureus ST398, appartenant au complexe clonal (CC) 398, a été décrit comme un agent zoonotique identifié initialement en France et aux Pays-Bas chez des éleveurs porchers au milieu des années 2000. Les souches ST398 sont en fait séparées en deux populations distinctes : une population SAMR avec notion de contact avec les animaux et une population SAMS plus virulente que son homologue, isolée d’infections humaines graves et sans notion d’exposition à des animaux d’élevage. Depuis 2010, on note une augmentation des souches de S. aureus CC398 passant de 5% à 23% des bactériémies à S. aureus entre 2010 et 2022.
La dynamique de ce clone, c’est-à-dire son introduction, et son expansion au sein des S. aureus demeure non expliqué. De plus l’évolution de ce clone ne peut être étudié de manière isolés sans prendre en compte l’évolution et la dynamique des autres clones de S. aureus circulants, mais également l’évolution des caractéristiques des patients atteints (âge, comorbidités, matériels étrangers de type prothèse articulaire ou pacemaker, mode de vie, EHPAD ou domicile). Les objectifs sont :
1) Évaluer l'évolution de la distribution des clones de MSSA au cours de la période d'étude
Hypothèse : Émergence du clone MSSA CC398 par remplacement ou ajout à des clones existants.
2) Évaluer l'évolution du clone MSSA CC398 au cours de la période d'étude
Hypothèse : explorer l'approche de la datation phylogénétique pour reconstruire l'histoire évolutive de la lignée. Signatures génomiques spécifiques, soit dans le génome principal, soit dans le génome accessoire, qui pourraient expliquer l'émergence et la propagation du clone.
3) Évaluer l'évolution des caractéristiques des patients et de la gravité de l'infection
Hypothèse : Augmentation du nombre de comorbidités, de la présence de dispositifs étrangers et donc de la sévérité de l'infection.
4) Evaluer la corrélation entre la sévérité de l'infection et le clone MSSA
Hypothèse : Corrélation entre la sévérité de l'infection et le clone de MSSA (en particulier le clone CC398).