Development and validation of a framework using multiple sources of real-world data to assess the benefit-risk balance of advanced therapies in inflammatory bowel disease
Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique
Finalité de l'étude
Objectifs poursuivis
Domaines médicaux investigués
Bénéfices attendus
Basé sur une approche méthodologique innovante évaluant la balance bénéfice-risque des traitements, ce projet permettra de clarifier la position de chaque traitement dans les maladies inflammatoires chroniques intestinales (MICI) et disséminer les résultats aux patients et cliniciens à l’aide d’un outil numérique d’aide à la décision. De nombreux traitements vont prochainement être autorisés dans les MICI, cette approche méthodologique permettra d’évaluer à faible coût leur balance bénéfice-risque et dans un délai beaucoup plus court qu’un essai clinique randomisé. Finalement, cette approche méthodologique pourra être répliquée dans d’autres maladies.
L’objectif de FORECAST est de clarifier la balance bénéfice risque des thérapies avancées dans les MICI à partir de trois sources de données de vie réelle : une base de données médico-administratives (le Système National des Données de Santé (SNDS)), une base de données issues de dossiers cliniques informatisés (l’entrepôt de données de santé de l’Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (EDS AP-HP)), et une cohorte prospective de patients atteints de MICI suivis dans des centres de l’AP-HP (SUVIMIC).
Nous allons comparer l’efficacité et la sécurité des thérapies avancées dans la maladie de de Crohn (MC) et la rectocolite hémorragique (RCH) sur la base d'essais cliniques multi-cibles en suivant la méthodologie de Hernan et al.[8] et les recherches antérieures de l'équipe.[10–12] Tous les designs et les aspects des études de données de vie réelles RWE imiteront ceux d'un essai cible hypothétique émulé, ce qui clarifie les aspects clés de la conception et limite le risque de biais. Un essai cible sera spécifiquement défini puis émulé pour chaque comparaison face à face dans la MC et la RCH. Les traitements d’intérêt seront les biothérapies ciblant le tumor necrosis factor (anti-TNF) (infliximab, adalimumab, golimumab), des intégrines (vedolizumab), l’interleukine 12 et 23 (ustekinumab), et les inhibiteurs de Janus kinase (tofacitinib, filgotinib, upadacitinib). Le critère de jugement principal sera la rémission clinique sans corticoïdes à un an. Le risque relatif sera estimé pour chaque critère de jugement après appariement sur un score de propension prenant en compte les comorbidités, les caractéristiques et l’activité de la MICI, et les traitements antérieurs. Des analyses stratifiées sur les caractéristiques de la MICI d’après les algorithmes précédemment validés seront réalisées afin d’évaluer la balance-bénéfice des thérapies avancées dans des sous-groupes pertinents de patients.
Pour l’identification de nouveaux signaux de sécurité potentiellement associés aux thérapies avancées dans les MICI, nous utiliserons des méthodes d'apprentissage automatique supervisé consistant en du gradient boosting pour générer de nouveaux signaux de sécurité dans la base de données SNDS. Les méthodes de gradient boosting (XGBoost et LightGBM) se sont révélées performantes pour les données structurées. Le modèle entraîné sera ensuite appliqué à l’ensemble des patients inclus dans le SNDS afin d'identifier les associations susceptibles de constituer de nouveaux signaux de sécurité. Les signaux seront d'abord affinés sur la base d’avis d'experts et du rationnel pharmacologique.
Enfin, des essais cliniques seront émulés dans le SNDS pour chaque comparaison face à face et chaque sous-type de MICI, en se basant sur les critères d’efficacité et de sécurité identifiés par les algorithmes précédemment validés en utilisant la base de données appariées
Données utilisées
Catégories de données utilisées
Autre(s) catégorie(s) de donnée(s) utilisée(s)
Données issues de la base SUVIMIC :
Antécédents personnels, antécédents familiaux de MICI et de cancer ; diagnostic initial, actuel et cumulé de MICI ; phénotype de la maladie, détail et intégralité des symptômes et signes d’examens ; jour de contact avec le gastro-entérologue ; principaux traitements spécifiques de la MICI ; type et doses des traitements non spécifiques aux MICI ; données biologiques de routine, saisies prospectivement à chaque passage dans le service ; date et conclusion des principaux examens morphologiques digestifs ; antécédents pathologiques, histoire résumé de la maladie et conclusion des compte-rendu médicaux
Données issues de l'EDS AP-HP :
Données démographiques ; antécédents médicaux ; motifs d’hospitalisation (codes CIM-10) ; prescriptions médicamenteuses ; résultats des examens biologiques et microbiologiques ; comptes rendus médicaux et d’examens complémentaires notamment imagerie
Données issues du SNDS :
Données hospitalières des établissements publics et privés ; caractéristiques démographiques (âge, sexe) ; ALD ; délivrance de traitements ; examens biologiques ; consultations ambulatoires (date et type) ; dernière date de suivi disponible.
L’appariement indirect entre le SNDS et les deux autres sources de données sera basé sur les données PMSI incluses dans l’EDS AP-HP.
Source de données utilisées
Composante(s) de la base principale du SNDS mobilisée(s)
Autre(s) source(s) de donnée(s) mobilisée(s)
Appariement entre les sources de données mobilisées
Source(s) de données appariées
Appariement direct (simple jointure) entre les données des patients inclus dans SUVIMIC à celles des patients inclus dans l’EDS AP-HP via l’Identifiant Patient Permanent (IPP) avec création d’une base de données APHP appariée, incluant tous les patients atteints de MICI identifiés dans l’EDS et ceux de la cohorte SUVIMIC : Création d’un identifiant patient temporaire spécifique au projet.
Transfert de la base de données appariée (EDS AP-HP -SUVIMIC) vers l'espace projet HDH via un protocole de transfert sécurisé en collaboration avec le service informatique de l'AP-HP (Direction des services numériques) et le HDH.
L’appariement entre le SNDS et les deux autres sources de données sera basé sur les une séquence unique de données PMSI incluses dans l’EDS AP-HP. Les données PMSI des hôpitaux de l’AP-HP sont incluses dans l’EDS AP-HP et ces données correspondent aux données PMSI nationales incluses dans le SNDS.
Type d'appariement
Plateforme utilisée pour l'analyse des données
Acteurs finançant et participant à l'étude
Responsable(s) de traitement
Type de responsable de traitement 1
Responsable de traitement 1
Localisation du responsable de traitement 1
Représentant du responsable de traitement 1
Responsable(s) de mise en oeuvre non cités comme responsable de traitement
Responsable de mise en oeuvre non cité comme responsable de traitement 1
Calendrier du projet
Base légale pour accéder aux données
Encadrement réglementaire
Durée de conservation aux fins du projet (en années)
5
Existence d'une prise de décision automatisée
Fondement juridique
Article 6 du RGPD (Licéité du traitement)
Article 9 du RGPD (Exception permettant de traiter des données de santé)
Transfert de données personnelles vers un pays hors UE
Droits des personnes
Chaque patient de la cohorte SUVIMIC et de l’EDS pourra exercer son droit d’accès aux données, de rectification, d’effacement, de limitation ou d’opposition en adressant sa demande à l’adresse électronique dédiée aphp-protection.donnees.suvimic@aphp.fr pour les patients inclus dans SUVIMIC ou en remplissant le formulaire d’opposition électronique disponible à l’adresse https:// eds.aphp.fr/patient/vos-droits/opposition pour les patients inclus dans l’EDS AP-HP (inclus ou non dans SUVIMIC)
Pour les personnes présentes uniquement dans le SNDS, la règlementation prévoit également que toute personne dispose d’un droit d’opposition auprès du directeur de la caisse d’assurance maladie si elle ne souhaite pas que les données qui la concernent, contenues dans le SNDS, fassent l’objet d’une utilisation à des fins de recherche, conformément à l’article 111 du décret d’application de la loi Informatique et Libertés. Cette procédure est détaillée sur le site https://www.snds.gouv.fr/SNDS/Protection-de-la-donnee
Concernant l’information des patients :
o Les patients inclus dans la cohorte SUVIMIC ont reçu une note d’information individuelle sur la réutilisation de leurs données dans le cadre de la recherche ;
o Les patients dont les données ont été saisies dans l’EDS ont été informés des traitements mis en œuvre à partir de l’EDS par le biais d’une notice d’information relative à l’EDS, d’une manière conforme à l’article 112 du décret n° 2019-536 du 29 mai 2019. Les patients ont accès via le site de l’EDS à toutes les recherches en cours et peuvent s’opposer à l’utilisation de leurs données dans le cadre de l’EDS. En effet, Une note d’information collective sur la recherche FORECAST sera diffusée sur le portail de transparence EDS.
o Pour les patients dont les données proviennent du SNDS, les traitements ne requièrent pas l’information des patients. Ce traitement sera enregistré au sein du portail de transparence du HDH : https://www.health-data-hub.fr/projets .