Bactériémies à Escherichia coli chez l’Homme et facteurs associés à la pathogénicité et à la virulence. - COLISEP
Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique
Finalité de l'étude
Objectifs poursuivis
Domaines médicaux investigués
Bénéfices attendus
Nous avons trois objectifs spécifiques de cette étude:
(i) Déterminer les facteurs de risque cliniques et microbiologiques associés au décès dans les bactériémies à E. coli dans le nouveau contexte épidémiologique de l'augmentation des souches productrices de BLSE à la fois dans la communauté et à l’hôpital en France. Ces facteurs de risque seront comparés à ceux de l'étude COLIBAFI 2005 et SEPTICOLI 2016.
(ii) Déterminer l’épidémiologie moléculaire des souches de E. coli responsables de bactériémies en France en 2023 et les comparer aux souches de 2005 et 2016 ainsi qu’aux souches commensales d’études précédentes de notre groupe (étude COLIVILLE et ERC EVE en cours).
(iii) Comparer les caractéristiques génomiques des souches de E. coli avec d’autres collections mondiales, afin d’aider à la détermination des sérotypes cibles pour l’élaboration de vaccins.
Le but ultime est d'avoir un impact sur la gestion clinique des patients, par la compréhension des détermits de la gravité des patients dans le contexte des grands changements épidémiologiques.
Etude rétrospective observationnelle, incluant 500 adultes souffrant de bactériémies à E. coli hospitalisés dans l'un des 6 hôpitaux de l’APHP participant. Des données cliniques précises seront recueillies sur données des dossiers informatisés à l'inclusion (le jour de positivité de la première hémoculture) et 28 jours après l'inclusion ou le jour de la sortie du patient de l’hôpital (si avant le jour 28).
Données utilisées
Catégories de données utilisées
Source de données utilisées
Autre(s) source(s) de donnée(s) mobilisée(s)
Appariement entre les sources de données mobilisées
Variables sensibles utilisées
Justification du recours à cette(ces) variable(s) sensible(s)
l'objectif principal est de déterminer les facteurs de risques cliniques ou bactériologiques associés au décès, nous avons donc besoin du statut du patient et de sa date de décès si applicable.
la date des soins nous permet de suivre les soins du patients depuis le début de sa bactériémie.
l'année et le mois de naissance des patients nous permets de discriminer les patients et de ne pas les inclure plusieurs fois
Recours au numéro d'identification des professionnels de santé
Plateforme utilisée pour l'analyse des données
Acteurs finançant et participant à l'étude
Responsable(s) de traitement
Type de responsable de traitement 1
Responsable de traitement 1
Localisation du responsable de traitement 1
Représentant du responsable de traitement 1
Calendrier du projet
Durée de conservation aux fins du projet (en années)
15
Existence d'une prise de décision automatisée
Fondement juridique
Article 6 du RGPD (Licéité du traitement)
Article 9 du RGPD (Exception permettant de traiter des données de santé)
Transfert de données personnelles vers un pays hors UE
Droits des personnes
Une notice d’information sera envoyée à chaque patient l’informant du recueil rétrospectif de ses données médicales dans le cadre de l’étude. La non-opposition du patient sera considérée en l’absence de réponse dans les quatre semaines suivant l’envoi de la lettre d’information.
Si un patient éligible est décédé, ses données seront utilisées à la seule condition qu’il ne se soit pas opposé à l’utilisation de ses données dans le cadre d’une recherche de son vivant