01/02/2023

Ouverture des scripts permettant de standardiser la base principale du SNDS au format OMOP-CDM

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ouverture des scripts

La base principale du Système National des Données de Santé (SNDS) est une base médico-administrative très riche, mais complexe et qui reste encore sous exploitée. Une des difficultés à son utilisation est le temps nécessaire pour monter en compétences sur le schéma de données et la compréhension des biais et limites des données. Standardiser la base principale du SNDS dans un modèle de données commun permet de simplifier et d’élargir son utilisation pour des projets de recherche nationaux et européens.

 

En effet, un standard est une manière normalisée de représenter et stocker des données. Par exemple, dans le cas de maladies rares, le plus souvent, les pays disposent individuellement d’un volume de données trop réduit pour mener des recherches. Standardiser les données permet d’agréger les résultats de plusieurs bases de données et ainsi mener des études sur des cohortes plus larges. 

En 2020 le HDH a été lauréat d’un appel à projets  porté par EHDEN pour transformer le SNDS Fast-Track (patients Covid, 2019-2020) au format OMOP-CDM. Ce format, centré sur le patient, permet de passer d’une base comportant plus de 180 tables pour la base principale du SNDS à moins de 20 tables. Cela permet d’analyser facilement les parcours de soin, quelle que soit la provenance géographique ou administrative de la donnée. La standardisation de la base principale du SNDS s’est déclinée en trois étapes principales : l’écriture des scripts permettant de transformer le SNDS au format OMOP, l’alignement de terminologies (CCAM, NABM, etc.), et la mise en qualité. 

Ces travaux ont également été présentés en 2022 à des congrès internationaux et européens tels que les congrès OHDSI (Rotterdam et Washington DC).

Les résultats ont été ouverts et présentés lors de l’événement du 14 décembre 2022 organisé par le Health Data Hub, dont le replay est disponible ici. La documentation de la transformation est disponible sur la documentation collaborative SNDS et les scripts de transformation sont disponibles sur Gitlab.

 

Poursuite des travaux en 2023

Suite au second appel à projets EHDEN remporté en 2021, les travaux de standardisation du SNDS se poursuivent en 2023, avec l’ouverture des alignements de terminologies et l’élargissement du périmètre temporel (2015-2021). Ces résultats permettront d’alimenter les cas d’usage du pilote EHDS.

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