Ouverture d’une nouvelle version de la méthode de standardisation de la base principale du SNDS au format OMOP sur le GitLab du Health Data Hub
Suite au second appel à projets EHDEN remporté en 2021, les travaux de standardisation de la base principale du SNDS au format OMOP-CDM se poursuivent, avec l’ouverture des alignements de terminologies et l’élargissement du périmètre temporel (2015-2021). Cette nouvelle version de standardisation est disponible sur le GitLab du Health Data Hub et sera intégrée à la Bibliothèque Ouverte d’Algorithmes en Santé (BOAS) actuellement en cours de développement.
Depuis sa création, le HDH s’engage à promouvoir la transparence et faciliter l’accès aux résultats des projets de recherche qu'il accompagne lorsqu’ils sont réutilisables par d’autres. En effet, l’utilisation des données de santé étant souvent complexe, la disponibilité des outils permettant de les exploiter de manière fiable représente un intérêt majeur pour la communauté scientifique.
Publication d’une nouvelle version de la méthode de standardisation OMOP
La base principale du Système National des Données de Santé (SNDS) est une base médico-administrative très riche mais complexe et qui reste encore sous-exploitée. Une des difficultés de son utilisation est le temps nécessaire pour monter en compétence sur le schéma de données et la compréhension de leurs biais et limites. Standardiser la base principale du SNDS selon un modèle commun permet de simplifier et d’élargir son utilisation pour des projets de recherche nationaux et européens.
En 2020, dans le cadre de l’appel à projets EHDEN, une première version de standardisation au format OMOP-CDM et portant sur des patients atteints de Covid, a été mise en place sur la base SNDS Fast-Track. Suite à un second appel à projets EHDEN, remporté en 2021 par le HDH, les travaux se sont poursuivis afin de proposer une nouvelle version de cette standardisation. Les principales mises à jour comprennent une amélioration des règles de standardisation et un élargissement du périmètre standardisé (années 2015-2021).
Pour accéder à la nouvelle version de la standardisation au format OMOP-CDM :
Faciliter l’accès aux ressources en santé et promouvoir l'open science dans le domaine de la santé
Le Health Data Hub s'engage à faciliter l'accès libre et gratuit à des ressources et outils essentiels pour la recherche en santé, contribuant ainsi à l'avancée de l'innovation dans ce domaine. Au travers de son compte GitLab public, le HDH propose, en accès libre, un nombre significatif de ressources.
Cette initiative s'inscrit dans le cadre de la construction de la Bibliothèque Ouverte d'Algorithmes en Santé (BOAS), qui vise à répertorier les algorithmes de traitement des données de santé, facilitant ainsi leur réutilisation dans divers projets de recherche et d'innovation. Actuellement en cours de développement sur le site du Health Data Hub, la BOAS permettra de lister, documenter et faciliter la réutilisation des codes et algorithmes relatifs aux données de santé. Sa finalisation est prévue d’ici fin avril 2024.
La mise en place de la BOAS témoigne de l’engagement continu du HDH à soutenir et promouvoir l’ouverture dans le domaine de la santé. Dans le cadre de cet engagement, nous avons le plaisir de vous informer qu'un événement sur le thème de l'Open Science se tiendra à Paris le 30 avril 2024. Cet événement sera l'occasion d’ échanger sur les avancées dans ce domaine et discuter des opportunités futures. Nous serions ravis de vous y retrouver. Vous pouvez dès à présent vous inscrire via les liens suivants :