Le Health Data Hub était au Congrès EMOIS à Lille
Les 4 et 5 avril derniers s’est tenue la 33e édition du congrès EMOIS auquel a participé le Health Data Hub. Réunissant au Grand Palais de Lille plus de 400 congressistes, cet événement a été l’occasion de rencontrer et d’échanger avec des professionnels de l’information médicale, de l’informatique en santé et de l'épidémiologie.
Durant ces deux jours, le Health Data Hub a eu l’occasion de présenter en plénière, le processus de standardisation de la base principale du SNDS au format OMOP et de revenir sur des cas concrets de réutilisation de ces données lors d’un atelier co-animé par Laurence Watier, experte de cette base et membre du CESREES. Ces interventions ont permis de mettre en avant l’accompagnement et les ressources que le Health Data Hub met à disposition des porteurs de projets.
Standardisation de la base principale du SNDS au format OMOP, un travail d’ampleur pour le Health Data Hub
Gaëlle Collumeau, data scientist spécialisée en standardisation des données au Health Data Hub, est intervenue en plénière sur la standardisation de la base principale du SNDS au format OMOP. Présentant un fort intérêt pour les études en santé, la base principale du SNDS, par sa complexité, expose les chercheurs au risque d’introduire des biais et des contresens dans les études. Pour faciliter son appropriation, le HDH standardise depuis 2020 la base principale du SNDS au format OMOP. Centré sur le patient, ce modèle de données facilite la lecture des parcours de soins et est accompagné d’outils en open source de mise en qualité et d’analyse. D’abord concentrée sur les données 2019-2020 des patients COVID (ciblés via la base fast track PMSI-MCO), la standardisation a été étendue à l’ensemble de la base principale du SNDS 2015-2021, apportant de nouveaux challenges liés à une importante volumétrie de données. La documentation de la standardisation OMOP de la base principale du SNDS est disponible sur la documentation collaborative du SNDS (https://documentation-snds.health-data-hub.fr/omop/) et les scripts sur Gitlab (https://gitlab.com/healthdatahub/boas/hdh/snds_omop)
Mettre en œuvre un projet de recherche réutilisant des données de la base principale SNDS : de la théorie à la pratique
Ana-Gabriela Prada, Agathe Delaune, Valérie Edel représentant toutes les trois le HDH et Laurence Watier membre du CESREES ont animé un atelier visant à mettre en perspective les principales étapes structurant la mise en oeuvre d’un projet mobilisant des données de la base principale du SNDS à partir d’un cas d’usage.
Cet atelier a permis de rappeler le potentiel d’innovation de cette source de données, de souligner les questions à se poser avant de soumettre un projet afin de franchir aisément les étapes réglementaires et de mettre en perspective l’importance des ressources mises à disposition par le HDH pour accompagner les porteurs de projets dans leur démarche. Les points d’attention du CESREES, chargé d’évaluer les projets ainsi que les principales étapes de data management nécessaires à la mise à disposition des données, ont également été précisés. Les protagonistes ont également souligné l’importance de la science ouverte et les processus à mobiliser.
Près d’une trentaine de personnes ont participé à cet atelier. Les questions ont été nombreuses, ce qui témoigne du fort intérêt que suscite la base principale du SNDS comme vecteur d’innovation en santé.
Le congrès EMOIS, un lieu de rencontre pour l’écosystème
Cet événement a ainsi été propice aux échanges avec les acteurs de l'écosystème et des discussions ont pu être initiées sur le stand du HDH. Les visiteurs ont pu poser leurs questions sur des sujets d'actualités tels que les projets accompagnés par le HDH et les possibilités offertes par sa plateforme technologique, les dernières procédures réglementaires adoptées par la CNIL, la publication prochaine des premiers algorithmes de ciblage dans le SNDS alimentant la Bibliothèque Ouverte d'Algorithmes en Santé (BOAS) du HDH, les appels à projets portés par le HDH (tels que P4DP, BOAS, etc) ainsi que l’offre de formation ouverte à tous.