EDS du CHU BREST
Identification de la base
Base partagée via l’Entrepôt de la PDS
Responsable scientifique
Médecin biologiste - Bioinformaticien
sacha.schutz@chu-brest.frCaractéristiques des données
Objectif initial de la base
L'entrepôt de données de santé du Centre Hospitalier Universitaire de Brest a été constitué dans l'objectif de centraliser les données produites afin de permettre leur réutilisation à des fins de recherche en santé.
Domaine médical
Population d'intérêt
Toute personne ayant fréquenté le CHU de Brest
Effectif cible
1 398 000 patients
Géographie
Le périmètre géographique concerné par la base correspond au département du Finistère
Profondeur historique
2006
Mise à jour
Collecte active – Tous les jours
Catégories des données
Source(s) de données/Origine
Périmètre des données
L’EDS du CHU de Brest possède plus d’une centaine de tables, composées chacune d’une dizaine de colonnes. Chaque table correspond à une activité médicale. Les colonnes contiennent des données structurées relatives au domaine médical concerné.
Nature des données
Données structurées et textuelles reposant sur un schéma en étoile où toutes les tables possèdent 4 colonnes (patient, séjour, uf, timestamp).
Appariement avec le NIR
L’appariement correspond au croisement des données de la base avec les données de la base principale du Système National des Données de Santé (SNDS).
Le NIR (Numéro d’Inscription au Répertoire, ou encore numéro de sécurité sociale) peut être utilisé pour apparier deux bases de données entre elles.
Concernant l’EDS du CHU de Brest, les données identifiantes (pii) sont séparées logiquement et cryptographiquement de la base principale du SNDS avec accès restreint. Certaines personnes du CHU sont habilitées à faire un appariement.
Qualité
Processus de collecte
Les données sont collectées automatiquement à partir des bases de données des logiciels métiers du Centre Hospitalier Universitaire de Brest. L'extraction, la transformation et l'intégration des données se fait essentiellement par des requêtes SQL et du Python (duckdb/pola.rs) par les data ingénieurs du CDC après rétro-ingénierie des bases de production.
Les données sont d'abord récupérées en brut au format parquet puis sont mises en qualité avant d'être déposées sur une base OLAP clickhouse.
Le tout est orchestré par Dagster. Les données reposent sur un schéma en étoile avec pour toutes les tables, 4 colonnes obligatoires (patient, séjour, uf, timestamp).
Contexte de saisie le cas échéant
Les données sont saisies par les professionnels de santé et les personnels administratifs dans le cadre de la prise en charge des patients et du fonctionnement de l'établissement. La saisie est réalisée au fil des activités de soins, des actes médicaux, des examens, des hospitalisations et des démarches administratives au sein des différents logiciels métiers du Centre Hospitalier Universitaire de Brest.
Processus qualité
La qualité des données est assurée par un processus continu de contrôle et de validation.
Il consiste essentiellement à reproduire la vue du logiciel métier depuis l'EDS en s 'appuyant sur l'expertise des médecins de l'établissement ainsi que sur le Département de l'Information Médicale.
Des contrôles qualités automatiques et des indicateurs à travers de Dashboards sont également mis à disposition des équipes pour évaluer la cohérence et l'intégrité des données.
Exemples:
- Une température de 378 émettra un warning car la température n'est pas dans sa range de valeurs. Le data-ingénieur pourra alors supprimer ou modifier la valeur (37,8).
Délégué à la protection des données (DPD)
Réglementaire
Encadrement réglementaire de la base
AUTORISATION CNIL 2217775
Durée de conservation des données
20 ans après la dernière venue du patient dans l’établissement
Modalités d’information des personnes concernées
Information collective sur la réutilisation des données de santé
- site internet
- livret d'accueil
- article de presse
- affichage
- note d'information des projets de recherche
Exercer ses droits
- Via le portail de transparence du CHU de BREST
- Par mail auprès du DPO : protection.donnees@chu-brest.fr
- Pour les études issues de la réutilisation des données de l'EDS le patient peut également informer son opposition auprès du responsable scientifique de l'étude (information précisée sur chaque note d'information)