Projet MAGENTA : Une étude pour améliorer le suivi des personnes atteintes de maladies rares

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Finalité de l'étude

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

Les maladies rares, dont 80% sont d’origine génétique, touchent 3 millions de personnes en France et environ 435 000 personnes dans le Grand-Ouest, région qui représente 14,5% de la population française.

Le parcours du patient atteint d’une maladie rare est complexe avec un fort besoin de coordination des acteurs, car il s’inscrit non seulement dans un parcours de santé et de soins mais aussi dans un parcours de vie. Il y a une vraie spécificité des étapes de transition (adolescence, grossesse, vieillissement) pour les maladies rares, impliquant un suivi pluridisciplinaire.

La plupart des études phénotypiques actuelles se heurtent à des séries de petites tailles et souvent d’âge pédiatrique, les tests génétiques étant plus souvent proposés dans l’enfance. Un effort collectif se met cependant en place pour permettre aux adultes de bénéficier d’un diagnostic à la lumière des nouvelles technologies, comme en témoigne la campagne de la filière AnDDI-Rares qui vise à lutter contre l’errance diagnostique.

Malgré tout, les généticiens cliniciens qui suivent ces patients dans l’enfance les perdent souvent de vue à l’âge adulte, le suivi étant alors assuré par le médecin traitant ou par les structures médico-sociales en cas de handicap. Une meilleure connaissance de l’histoire naturelle des maladies rares est nécessaire pour mieux accompagner les patients et améliorer le parcours de soin tout au long de leur vie.

Le phénotype décrit dans les publications est souvent incomplet et se concentre sur les manifestations les plus fréquentes. Les complications plus rares nécessitent un certain nombre de patients. Or ce nombre est souvent insuffisant pour qu’une association significative soit mise en évidence. De plus, les publications mettent souvent en avant des cas particuliers avec une association nouvelle jamais décrite mais qui n’apporte pas pour autant la preuve d’un lien avec la maladie elle-même.

Les maladies rares sont souvent associées à une hétérogénéité clinique forte et le suivi longitudinal fait habituellement défaut, notamment à l’âge adulte. Ainsi, même pour des gènes fréquemment impliqués dans les troubles du neurodéveloppement, seuls quelques adultes sont décrits dans la littérature dans le cadre de cohortes internationales. C’est le cas par exemple du syndrome de Coffin-Siris ou du syndrome KBG où une cohorte internationale en 2024 rapportait respectivement 35 et 36 patients adultes avec un âge médian de 30 ans tandis que nous estimons, pour le seul Grand-Ouest, qu’au moins une trentaine de patients adultes sont diagnostiqués pour ces pathologies depuis l’ouverture des services de génétique. D’autres études cherchent à évaluer l’intérêt des modèles de langue automatiques pour suivre la progression d’une maladie en structurant les données phénotypiques à partir des comptes rendus médicaux. Cependant ce type d’étude est limité par les données effectivement numérisées et disponibles pour l’analyse et l’absence d’exhaustivité du recueil dans le cadre du soin courant.

L’objectif du projet MAGENTA est d’améliorer la connaissance des comorbidités et des affections tardives à moyen et long terme de maladies rares d’origine génétique, à partir d’une cohorte régionale conséquente non focalisée sur un syndrome spécifique mais capable d’inclure dans un même pipeline analytique différentes maladies d’intérêt, pour atteindre ainsi une taille à notre connaissance inédite en France. A partir du diagnostic qui sera confirmé à partir de données locales organisées et déjà disponibles, nous récupérerons les données structurées nationales issues du SNDS (Système National des Données de Santé), recueillies de façon systématisée, nous affranchissant ainsi des biais des publications inhérentes aux approches de cas. Une comorbidité correspond ici à une complication liée indirectement à la maladie rare et à ses conséquences sanitaires et sociales tandis qu’une affection tardive correspond à une complication liée à l’évolution intrinsèque de la maladie rare.

Le projet est porté par le Dr Mathilde NIZON, praticien hospitalier et généticienne clinicienne au CHU de Nantes, accompagné par le Dr Matthieu WARGNY, médecin de santé publique, avec une expérience significative dans l’analyse de données du SNDS, et soutenu par l’association « Sclérose tubéreuse de Bourneville » dont la co-présidente Madame Dominique LE BERRE participe au conseil scientifique.

En pratique, nous nous appuierons d’abord sur le réseau inter-régional existant. L’ensemble des services de génétique clinique du Grand Ouest (CHU de Nantes, Rennes, Angers, Tours, Brest, CH de Vannes, Le Mans, Saint Brieuc et Blois) sont associés au projet MAGENTA. Ces services collaborent ensemble à de nombreuses publications et au sein de la Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) GenOMedS – Génétique Omiques Médecine et Société. La population d’étude sera constituée de tous les patients présentant une maladie rare d’origine génétique, et suivis dans les centres participants dans le cadre des Filières nationales de Santé Maladies Rares AnDDI-Rares et DéfiScience avec une consultation ou une hospitalisation entre le 1er janvier 2005 et le 31 décembre 2026. Les capacités de screening seront permises par le réseau HUGO (notamment les Centres de Données Cliniques et BaMaRa).

Enfin, la Clinique des Données du CHU de Nantes sera en charge de la méthodologie, du data management local, de l’accompagnement de l’appariement SNDS avec le HDH et/ou la CNAM, et du data management et de la production des analyses statistiques du SNDS. LE SNDS est un entrepôt de données médico-administratives comprenant les données de l’Assurance Maladie, les données hospitalières, les causes médicales de décès et les données relatives au handicap. Par le biais des hospitalisations, des traitements et des ALD, nous pourront connaître la prévalence des complications en particulier cardiovasculaires, endocrinologiques, neurologiques, psychiatriques, ophtalmologiques et oncologiques. Une mise à jour des données est prévue tous les 2 ans sur une période de 30 ans. Les comorbidités ou complications seront décrites à différents âges, soit à 6, 12, 18, 30, 40, 50 et 60 ans. Cette connaissance permettra d’améliorer la prise en charge et le suivi des patients présentant ces pathologies en facilitant l’élaboration des Protocoles Nationaux de Diagnostic et de Soins qui sont des référentiels de bonne pratique portant sur les maladies rares.