METHYL-CNS - Utilisation du méthylome dans les tumeurs du système nerveux central : évaluation rétrospective

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Finalité de l'étude

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

Il existe une importante hétérogénéité des tumeurs primitives du système nerveux central. Celle-ci porte sur l’âge (enfant, adolescent et jeune adulte, adulte), l’origine cellulaire (cellules gliales, cellules neuronales, cellules embryonnaire etc.), l’agressivité et le pronostic (décrite par le grade allant de 1 à 4), la localisation de la tumeur (ligne médiane, fosse postérieure, moelle, etc.), la présence d’altérations moléculaires (mutations, pertes ou gains chromosomiques, fusions, etc.) dont certaines peuvent être accessibles à des thérapies ciblées, l’expression de certains marqueurs de différenciations (analysés par l’immunohistochimie) et l’aspect morphologique au microscope.
Le diagnostic de ces tumeurs reposait initialement sur les données cliniques, l’aspect morphologique et l’immunohistochimie. Depuis l’OMS 2016 avec les propositions du consortium cIMPACT-NOW, le diagnostic comporte désormais des données moléculaires et radiologiques permettant ainsi un diagnostic intégré des tumeurs du système nerveux central. Ainsi par exemple dans l’OMS 2021, la recherche d’une délétion homozygote de CDKN2A est devenue obligatoire dans les astrocytomes mutés IDH. Sa présence permet de classer la tumeur en grade 4, quel que soit l’aspect morphologique.
L’épigénétique correspond à des modifications de l’ADN qui n’altèrent pas sa séquence permettant de modifier l’expression de certains gènes. Ces modifications de l’ADN peuvent être faite par l’ajout réversible de groupements chimiques méthyles. L’ensemble des méthylations d’un génome est nommé méthylome. L’étude du méthylome permet à la fois de mieux comprendre la cancérogenèse, prédire la réponse à certains traitements, mais a aussi un rôle de plus en plus important dans le diagnostic des tumeurs. En effet, le profil de méthylation peut être analysé et classé grâce à un modèle d’intelligence artificielle entrainé à partir d’une base de données. Ces modèles sont appelés « classificateurs ». L’OMS 2021 recommande la réalisation d’un méthylome dans la démarche diagnostique, pour certains types tumoraux. L’étude en méthylome est également de plus en plus utilisée pour certains diagnostics difficiles.
Peu de données sont disponibles sur l’utilisation du méthylome en pratique courante dans le diagnostic des tumeurs du système nerveux central.

Type de tumeur : Tumeur du cerveau

Critères d’inclusion :
– Tumeur du système nerveux central.
– Réalisation d’un méthylome
Critères d’exclusion :
– Opposition de l’utilisation des données pour la recherche

De 01/04/2022 à 31/12/2025

Taille de la population : 450 patients

Après identification des cas à partir du système informatique du laboratoire d’anatomopathologie, les données des patients concernés seront recueillies à partir du dossier patient informatisé.

Les données ainsi collectées seront intégrées dans une base de données RedCAP sécurisée. Un numéro de pseudonymisation sera attribué à chaque patient. Une table de correspondance entre le numéro de pseudonymisation et le numéro de dossier patient sera réalisée dans un autre fichier sécurisé séparé de la base de données (dossier et serveur séparés).
Les bases de données et le tableau de correspondance contenant les numéros de dossiers seront conservés de façon sécurisée sur le système d’information jusqu’à 2 ans après la publication des premiers résultats puis archivées de façon intermédiaire pendant 5 ans avant d’être totalement anonymisées ou détruites.

Partie biostatistique :
Les caractéristiques clinico-pathologiques de la population et les modalités de traitement seront décrites par les statistiques usuelles. Les variables quantitatives seront décrites par la médiane, le minimum, le maximum et le nombre de données manquantes et les variables qualitatives par les nombres, les pourcentages et le nombre de données manquantes de chaque modalité.
Les comparaisons entre les groupes seront réalisées par le test de Mann-Whitney pour les variables quantitatives et par le test du Chi-2 ou le test exact de Fisher pour les variables qualitatives.
Le taux de concordance sera présenté sous la forme de nombre, pourcentage et intervalle de confiance à 95% bilatéral (Binomial exact)