I3BAC-MUCO - Impact de la trithérapie (KAFTRIO®) sur l'épidémiologie microbienne dans les expectorations des patients atteints de mucoviscidose en France

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Finalité de l'étude

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

La mucoviscidose est une maladie génétique à transmission autosomique récessive (homozygotes) due à des mutations du gène cftr (Cystic
Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator). L’altération de la protéine CFTR est responsable de dysfonctionnement au niveau de nombreux organes, dont les systèmes digestif et respiratoire. Les manifestations respiratoires sont prépondérantes avec le développement progressif de bronchectasies, des infections respiratoires bactériennes (Pseudomonas aeruginosa), et des complications respiratoires (exacerbations, hémoptysie et pneumothorax). Les infections respiratoires chroniques sont la principale cause de morbidité et de mortalité des patients atteints de mucoviscidose et sont responsables de plus de 85% des décès en France. Les espèces bactériennes identifiées dans les expectorations diffèrent selon l’âge et l’évolution de la maladie. Staphylococcus aureus (SA) est identifié communément chez les jeunes enfants, tandis que P. aeruginosa, Achromobacter spp., Stenotrophomonas maltophilia et les espèces du complexe Burkholderia cepacia (Bcc) sont plus fréquentes chez les adolescents et les adultes.
P. aeruginosa est une bactérie environnementale très versatile qui possède une grande capacité à
infecter les poumons des patients. Bien que son éradication soit possible lorsque sa détection est précoce, 40% des patients adultes atteints de mucoviscidose sont colonisés de façon chronique.

Récemment, deux types de molécules ont été développées : les correcteurs du CFTR qui améliorent le transport des ions et les potentiateurs qui améliorent la fonction du canal CFTR. La trithérapie (Kaftrio®), qui est la combinaison de deux correcteurs (elexacaftor et tezacaftor) possédant des
mécanismes d’action différents et de l’ivacaftor, un modulateur, a montré les meilleurs bénéfices cliniques, avec plus de 90% des patients répondant à cette thérapie. Les essais cliniques et épidémiologiques montrent une amélioration de la fonction pulmonaire chez les patients adultes et enfants atteints de mucoviscidose. La qualité de vie des patients est nettement améliorée, en lien avec une diminution du nombre d’exacerbations et une augmentation de l’IMC. En France, Kaftrio® a été approuvé en 2021 pour les patients âgés de 12 ans et en 2023 pour les enfants de 2 ans et plus. Malgré les bénéfices sur la fonction respiratoire et le poids, l’impact des modulateurs du CFTR sur le microbiote respiratoire et sur les infections pulmonaires reste à démonter. Des études observationnelles ont montré une réduction du nombre de prélèvements positifs de P. aeruginosa dans les expectorations de plus de 55% dans la première année après la prise de modulateurs mais cette apparente éradication était principalement observée chez les patients colonisés de façon intermittente. Chez les patients colonisés de façon chronique à P. aeruginosa, les modulateurs permettaient une réduction de la numération de P. aeruginosa mais pas une éradication. Par ailleurs, la même souche de P. aeruginosa semble persister après l’introduction des modulateurs du CFTR. Ces résultats concernent majoritairement de petits groupes de pwCF, adultes et/ou seulement des colonisés chroniques.
Nous souhaitons donc proposer une étude multicentrique rétrospective incluant des enfants et des adultes, quel que soit leur type de colonisation à P. aeruginosa (primo-colonisés, intermittent ou chronique) avant l’introduction du KAFTRIO ® et évaluer son impact sur la colonisation bactérienne particulièrement à P. aeruginosa au cours du temps (1 année). A partir des souches de P. aeruginosa isolées des expectorations et conservées dans les laboratoires de microbiologie, nous déterminerons la CMI (concentration minimale inhibitrice) des antibiotiques afin de voir l’évolution du profil de résistance aux antibiotiques après la mise sous Kaftrio®, ainsi que l’analyse des génomes bactériens après le séquençage complet des génomes afin de mieux évaluer la dynamique d’évolution des souches en présence de KAFTRIO®.