Étude de la diversité clonale du portage digestif de Escherichia coli productrices de β‑lactamase à spectre étendu (BLSE) "MétaColi"

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Finalité de l'étude

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

Cette étude présente un intérêt de santé publique en contribuant à une meilleure connaissance du réservoir digestif des souches de Escherichia coli BLSE, dont la diffusion favorise la survenue d’infections pour lesquelles les possibilités thérapeutiques sont restreintes. Les travaux reposant sur l’analyse d’une seule colonie bactérienne peuvent sous-estimer la coexistence de plusieurs clones chez un même individu et donner une représentation incomplète du portage intestinal de ces bactéries résistantes. Une meilleure caractérisation de cette diversité constitue donc un enjeu pour la compréhension de leur épidémiologie.

En étudiant conjointement les populations de E. coli BLSE et non BLSE et en recherchant les facteurs associés au multiportage, ce projet vise à améliorer la description de la diversité clonale intra-hôte et de la place des souches résistantes au sein de la population digestive de E. coli. L’acquisition des connaissances pourraient, à terme, contribuer à affiner les approches de surveillance du portage et servir de base à de futures recherches sur la transmission et la prévention de la dissémination de ces bactéries. Le bénéfice attendu est principalement collectif et scientifique, par l’acquisition de connaissances utiles à la lutte contre l’antibiorésistance ; les retombées sur les pratiques de prévention restent des perspectives à évaluer dans des travaux ultérieurs.
Objectif principal :
Caractériser la diversité clonale intra-hôte des souches de Escherichia coli présentes en portage digestif chez des patients porteurs de Escherichia coli BLSE (β‑lactamase à spectre étendu) à l’hôpital Henri‑Mondor par une approche de métagénomique.
Objectifs secondaires :
Identifier des facteurs de risque cliniques et thérapeutiques associés au multiportage de E. coli BLSE.
Étude observationnelle monocentrique transversale, rétrospective n’impliquant pas la personne humaine, à visée descriptive et analytique menée à l’hôpital Henri-Mondor chez des patients présentant un portage digestif de Escherichia coli producteur de BLSE.
Le projet de recherche prévoit l’utilisation de données extraites à partir du système d’information des laboratoires (GLIMS) et des dossiers patients numériques (ORBIS) de janvier à juin 2026.