Etude Clinico-Omique du Médulloblastome

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Finalité de l'étude

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

Intérêt pour la santé publique:
Dans la littérature de nombreuses études en méthylome et en transcriptome sont menées depuis de nombreuses années. Depuis 2019, nous avons mis en place une cohorte de médulloblastomes de l’enfant et de l’adolescent au diagnostic annotée sur le plan clinique et sur le plan moléculaire (génome, (WGS), méthylome, RNA seq, protéomique et métabolisme, la cohorte MB COMICS (N° IRB : 2022-125). Cette cohorte a permis de mettre en évidence une hétérogénéité métabolique intertumorale mais également intratumorale (Bernardi et al., Cancer Cell, 2026). Afin de mieux comprendre cette hétérogénéité intratumorale observée, nous souhaitons maintenant approfondir la caractérisation de ces tumeurs par l’utilisation de nouvelles approches permettant des études à l’échelle de la cellule unique.

Les Objectifs de l'étude
1- Objectif Principal: Caractériser les médulloblastomes de l’enfant et de l’adolescent afin de mieux comprendre la biologie de ces tumeurs et ainsi pouvoir développer de meilleures stratégies thérapeutiques plus ciblées

2- Objectifs secondaires:
- Sous-typer les médulloblastomes grâce à leur profil protéomique réalisé sur des échantillons archivés entre 2018 et 2025 en paraffine (FFPE).
- Etudier à l’échelle de la cellule unique le profil moléculaire intégrant les ARNs, les protéines et le métabolisme sur des échantillons congelés, mais également sur quelques échantillons frais (ARNs et protéines) afin de pouvoir mieux préserver la composante immunitaire des tumeurs nécessaire pour répondre à certaines de nos hypothèses de recherche.
- Réaliser des études de single-Cell protéomique sur les échantillons frais.
- Comprendre l’évolution de la tumeur par des études Multiomiques à différents stades : au diagnostic, après chimiothérapie, à la récidive ou à l’état de métastase.
- Comprendre des évolutions inhabituelles de la tumeur (réfractaire à la chimiothérapie, récidive tardive…) par des études Multiomiques (bulk et cellule unique, transcriptomique, protéomique…).

Méthodologie:
4 centres sont impliqués dans ce projet avec des rôles complémentaires et définis comme suit :
1) Hôpital Necker :
- Partie prospective :
Tous les patients atteints de médulloblastome sont pris en charge chirurgicalement dans le cadre des soins au sein de cet hôpital. La chirurgie peut être complète ou incomplète, en fonction de la localisation tumorale.
Aucun geste supplémentaire spécifique à la recherche ne sera réalisé au cours de l’intervention.
Les prélèvements tumoraux sont effectués dans le cadre des soins standards : une partie de la pièce opératoire est destinée au diagnostic, tandis qu’une autre partie est conditionnée à l’état frais, selon des procédures spécifiques, puis adressée à l’Institut Curie (Orsay) à des fins de recherche.
- Partie rétrospective :
Pour tous les patients opérés d’un Médulloblastome entre 2018 et 2025 et pour lesquels du matériel congelé est disponible, les échantillons seront récupérés et transférés à l’Institut Curie (Orsay) pour analyses.

2) Institut Curie :
L’Institut Curie est responsable de la réception de l’ensemble des échantillons tumoraux (frais et congelés) provenant de l’Hôpital Necker. Il contribue également au recueil des données cliniques des patients traités et suivis à l’Institut Curie.
Ces échantillons sont pris en charge dans l’unité d’Olivier Ayrault, qui assure :
- La réalisation et la coordination des analyses biologiques et bio-informatiques (OMICS),
- L’exploitation scientifique des données.

3) Hôpital Saint-Anne :
L’hôpital Saint Anne est en charge :
- Du stockage des échantillons biologiques, sous forme congelée ou en blocs FFPE,
- De leur mise à disposition pour le projet,
- Ainsi que de la relecture histologique centralisée dans le cadre du réseau RENOCLIP.

4) Institut Gustave Roussy (IGR) :
Le département de cancérologie de l’enfant et de l’adolescent de Gustave Roussy coordonne la base de données cliniques du projet via l’outil REDCap. Cette base regroupe les données cliniques des patients pris en charge et suivis dans les différents centres participants (Hôpital Necker, Institut Curie et Gustave Roussy).
Tous les patients pourront être inclus au moment du diagnostic, au cours du traitement ou lors du suivi, sous réserve de l’obtention de la non opposition de l’un des titulaires de l’autorité parentale, dès lors qu’un prélèvement de tissu tumoral à visée de recherche pourra être réalisé sur la pièce opératoire à l’occasion d’une intervention chirurgicale effectuée dans le cadre de la prise en charge thérapeutique standard.
Les données cliniques suivantes seront recueillies :
- Sexe
- Age au diagnostic
- Date du diagnostic définie par la date de la biopsie/Chirurgie primaire
- Date de la biopsie/chirurgie
- Localisation de la biopsie tumorale/chirurgie
- Type de chirurgie : complète, partielle, incomplète
- Histologie selon la classification WHO en vigueur
- Amplification de Myc : absent / présent (> 8 copies)
- Le stade de la maladie au diagnostic selon la classification de Chang
- Traitement : détails de la chimiothérapie et de la radiothérapie
- Réponse aux traitements
- Date de la rechute/évolution de la maladie
- Type de récidive : isolée, à distance ou combinée
- Date de la dernière consultation / mort
- Statut de la maladie à la dernière consultation
- Survie sans progression (SSP) : durée écoulée entre le diagnostic et la progression de la maladie, la rechute ou le décès, quelle qu'en soit la cause.
- Survie sans événement (EFS) : durée écoulée entre le diagnostic et la survenue du premier des événements suivants : progression de la maladie, rechute, tumeur maligne secondaire, décès, quelle qu'en soit la cause.
- Survie globale (SG) : durée entre le diagnostic et le décès, quelle qu'en soit la cause.
Dans le cadre de ce projet de recherche, 3 types d’échantillons seront utilisés :
- Des échantillons tumoraux congelés, collectés rétrospectivement et archivés au CRB de Necker entre 2018 et 2025. Ces échantillons seront exploités pour la réalisation d’analyses multiomiques, incluant :
- Le séquençage de l’ARN nucléaire à l’échelle unicellulaire (snRNA-seq) ;
- L’approche multiomique combinant l’accessibilité de la chromatine et l’expression génique (Multiome : ATAC-seq + scRNA-seq) ;
- La transcriptomique spatiale ;
- La métabolomique spatiale.

- Les blocs FFPE (tissus fixés au formol et inclus en paraffine) issus du même prélèvement que les échantillons congelés susmentionnés, archivés à l’hôpital Saint-Anne. Ces échantillons permettront d’établir la classification tumorale grâce à une analyse protéomique réalisée par l’équipe d’Olivier Ayrault (Institut Curie).

- Des échantillons tumoraux frais, prélevés à l’hôpital Necker lors d’interventions chirurgicales réalisées dans le cadre de la prise en charge standard des patients. Ces prélèvements constitueront la cohorte prospective 2026-2031 et seront utilisés pour :
- La protéomique unicellulaire ;
- Le séquençage de l’ARN à l’échelle unicellulaire (scRNA-seq)
Tous les échantillons collectés seront pseudonymisés.
Un des objectifs de ce projet étant d’étudier l’évolution de la tumeur, nous collecterons :
- les tumeurs au diagnostic
- les tumeurs après chimiothérapie
- les rechutes
- les métastases
Notre projet s’intéresse plus particulièrement au Médulloblastome de Groupe 3, mais afin de vérifier la spécificité des résultats obtenus, il sera nécessaire de collecter également quelques échantillons des autres groupes de Médulloblastome (WNT, SHH et groupe 4) en comparaison.
Analyses Multiomiques :
L’ARN et les protéines des échantillons seront extraits afin de réaliser les techniques et analyses de multiomiques suivantes :
• ARN : scRNA-seq, Multiome (ATAC-seq + scRNA-seq), spatial-transcriptomique
• Protéines : protéome, single-cell protéomique
• Métabolites : spatial-métabolomique (MALDI-MSI)

Un marquage Hématoxyline-Eosine (HE anapath) sera également réalisé sur les échantillons congelés utilisés pour les techniques de spatial-métabolomique et spatial-transcriptomique.

Population
- Médulloblastomes
- Âge ≤18 ans
- Matériel tumoral archivé disponible à l’état congelé après une chirurgie réalisée à Necker entre 2018 et 2025
- Patients suivis à l’institut Curie ou à Gustave Roussy
- Confirmation histologique à Ste Anne
- Matériel tumoral prélevé à l’état frais lors d’une chirurgie à visée diagnostique/thérapeutique réalisée à Necker à partir de 2026