CellTPred : Cellular transcriptomics states as predictors of immunotherapy response in lung cancer
Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique
Finalité de l'étude
Objectifs poursuivis
Domaines médicaux investigués
Bénéfices attendus
Résumé de la Recherche :
Contexte : Nous manquons encore de biomarqueurs prédictifs de la réponse au traitement du cancer
du poumon, une maladie complexe et hétérogène pour laquelle il est nécessaire de disposer de
meilleurs biomarqueurs prédictifs afin de personnaliser les traitements. Une meilleure compréhension
du microenvironnement tumoral (TME) est nécessaire pour améliorer les résultats chez les patients.
Nous proposons ici une nouvelle approche computationnelle qui exploite le séquençage d'ARN en vrac
pour déduire des groupes et des états cellulaires spécifiques au patient et cliniquement pertinents, qui
ne sont normalement détectables qu'à l'aide de tests unicellulaires plus coûteux et plus complexes.
Méthodes : Nous avons développé une approche computationnelle intégrée basée sur la
déconvolution des types cellulaires et l'estimation de l'activité des facteurs de transcription, combinée
à un cadre d'apprentissage automatique avancé afin d'extraire des caractéristiques cliniquement
pertinentes à partir de données RNAseq en vrac. Nous utiliserons CellTFusion, un nouveau cadre qui
combine les réseaux de régulation transcriptionnelle (TRN) et la déconvolution des types cellulaires à
partir de données RNA-seq en vrac afin de caractériser les profils TME des patients, en capturant
plusieurs phénotypes et états cellulaires possibles dans les échantillons des patients. Afin de réduire
la dimensionnalité et la redondance, CellTFusion intègre un outil appelé multideconv qui combine les
résultats des méthodes de déconvolution de première génération (par exemple, QuanTIseq, EpiDISH,
utilisant des signatures RNAseq en vrac) et de deuxième génération (par exemple, CIBERSORTx, DWLS,
utilisant des signatures basées sur des cellules uniques) en caractéristiques représentatives de la
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proportion des types cellulaires. La réduction de la dimensionnalité est obtenue grâce à une
combinaison de filtrage non supervisé, d'estimations de corrélation linéaire et de mesures basées sur
la proportionnalité. Les groupes de types cellulaires sont ensuite introduits dans un pipeline
d'apprentissage automatique robuste conçu pour évaluer s'ils permettent de prédire les résultats
cliniques, notamment la survie, la récidive et la réponse à l'immunothérapie.
Pour réaliser ces analyses, les données utilisées proviennent de la recherche Curimmuno (RNIPH,
MR004) collectant des données cliniques issues du soin, ainsi que des données d’analyses génétiques
(« bulk RNAseq »). Le responsable de traitement de la recherche Curimmuno est l’Institut Curie.
La recherche CellTPred est une recherche n’impliquant pas la personne humaine et conforme à la
méthodologie de référence MR004.
Objectifs de la Recherche :
1. Nous analyserons les ensembles de données Curimmuno bulk RNAseq à l'aide des pipelines
multideconv et CellTFusion, en combinaison avec la présence de mutations génomiques et les
données cliniques correspondantes, afin d'évaluer si nos biomarqueurs dérivés sont
pronostiques.
2. Nous comparerons les performances de prédiction de la réponse chez les patients traités par
chimiothérapie ou immunothérapie afin de vérifier si nos biomarqueurs sont prédictifs.
3. Nous vérifierons si nos approches permettent d'identifier une association entre la composition
du microenvironnement tumoral (TME) et le type de mutation KRAS.
Enjeux de la Recherche :
Les prédicteurs de réponse aux « Immune Checkpoint Blockers » (ICB) seraient très utiles pour
proposer un traitement personnalisé et garantir le meilleur choix thérapeutique pour chaque patient.
Comprendre quels types de cellules sont essentiels à la réponse peut améliorer nos connaissances afin
de proposer des traitements combinés potentiels aux patients qui ne répondent pas à l'ICB.
Données utilisées
Catégories de données utilisées
Source de données utilisées
Autre(s) source(s) de donnée(s) mobilisée(s)
Appariement entre les sources de données mobilisées
Variables sensibles utilisées
Recours au numéro d'identification des professionnels de santé
Plateforme utilisée pour l'analyse des données
Acteurs finançant et participant à l'étude
Responsable(s) de traitement
Type de responsable de traitement 1
Responsable de traitement 1
Localisation du responsable de traitement 1
Représentant du responsable de traitement 1
Calendrier du projet
Base légale pour accéder aux données
Encadrement réglementaire
Durée de conservation aux fins du projet (en années)
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Existence d'une prise de décision automatisée
Fondement juridique
Article 6 du RGPD (Licéité du traitement)
Article 9 du RGPD (Exception permettant de traiter des données de santé)
Transfert de données personnelles vers un pays hors UE
Droits des personnes
5.2.3 Modalités d’exercice par les personnes concernées de leur droit d'accès et de
leur droit à la portabilité
Les personnes concernées par ce traitement ont été informées dès le lancement du traitement initial
par l’Institut Curie que leurs données pourront être réutilisées à des fins de recherche en cancérologie
via le document d’information institutionnel de l’Institut Curie.
Les modalités d’exercice des droits sont indiquées dans le document d’information institutionnel et
sur le site internet de l’Institut Curie : https://curie.fr/page/recherches-sur-les-donnees-de-sante
Il a été communiqué aux personnes concernées : « Dans le cadre de votre prise en charge à l’Institut
Curie, nos équipes médicales, soignantes et administratives recueillent et conservent, dans votre
dossier médical, des données à caractère personnel ou des documents contenant des données
personnelles, tels que les comptes rendus médicaux, des images radiologiques et des résultats des
prélèvements.
Sauf opposition de votre part, ces données à caractère personnel peuvent également être réutilisées,
d’une façon pseudonymisée ou anonymisée, et partagées avec des partenaires académiques et/ou
industriels dans le cadre de la recherche.
Vous pouvez trouver les projets de recherche pouvant réutiliser ces données dans le lien ci-dessous.
Votre opposition à l’utilisation de vos données personnelles pour la recherche n’entraînera aucune
conséquence, ni sur la suite de votre prise en charge, ni sur la qualité des soins qui vous seront fournis,
ni sur la relation avec votre médecin.
Vos données personnelles seront utilisées dans le respect de la réglementation en vigueur, notamment
le Règlement (UE) n° 2016/679 relatif à la protection des données personnelles "RGPD"). Pour plus
d’informations sur la manière dont l’Institut Curie utilise et protège vos données personnelles, vous
pouvez consulter la politique données personnelles.
Conformément à la réglementation en vigueur, le traitement de vos données personnelles réalisé pour
mener la recherche scientifique est nécessaire à l’exécution d’une mission d’intérêt public.
Conformément à la règlementation en vigueur, vous disposez, à tout moment et dans les limites de la
réglementation en vigueur, des droits suivants :
• d’un droit d’accès et de rectification de vos données personnelles,
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• d’un droit d’opposition à la transmission des données susceptibles d’être utilisées dans le
cadre de cette recherche,
• d’un droit d’effacement de vos données,
• d’un droit à la limitation de l’utilisation de vos données,
• d’un droit à la vérification de l’identité du responsable de l’utilisation des données, de la base
juridique, de la finalité de l’utilisation, les destinataires ainsi que la durée de conservation de
ces données.
Vous pouvez adresser votre demande d’opposition à l’adresse mail suivante
: opposition.recherche@curie.fr
Vous pouvez également contacter le Délégué à la Protection des Données pour toute demande
d’exercice de vos droits à l’adresse mail suivante : dpo@curie.fr
En cas d’exercice du droit d’effacement de vos données, certaines données peuvent cependant ne pas
être effacées, si cette suppression rend impossible ou compromet gravement la réalisation des
objectifs de la recherche.
Si vous estimez après nous avoir contacté, que vos droits ne sont pas respectés, vous avez la possibilité
de déposer une réclamation auprès de la CNIL par voie postale : 3 Place de Fontenoy, TSA 8715 75334
PARIS CEDEX – (tel : 01 53 73 22 22) » ou directement via la page internet de la CNIL
: https://cnil.fr/fr/webform/adresser-une-plainte »
Compte tenu de la base légale du traitement (mission d'intérêt public dont est investi l'Inserm), le droit
à la portabilité est non applicable au traitement objet de la demande d'autorisation.
5.2.4 Modalités d’exercice par les personnes concernées de leur droit de rectification
et droit à l'effacement (droit à l'oubli)
Les modalités d’exercice des droits sont indiquées dans le document d’information institutionnel et
sur le site internet de l’Institut Curie : https://curie.fr/page/recherches-sur-les-donnees-de-sante
5.2.5 Modalités d’exercice par les personnes concernées de leur droit de limitation et
droit d'opposition
Les modalités d’exercice des droits sont indiquées dans le document d’information institutionnel et
sur le site internet de l’Institut Curie : https://curie.fr/page/recherches-sur-les-donnees-de-sante