Data Contrat

Partenaires 

Le Centre Hospitalier Universitaire (CHU) de Brest est un acteur de référence dans le domaine de la santé publique, de la recherche clinique et de l’innovation en santé numérique. Il s’appuie notamment sur son Entrepôt de Données de Santé (EDS), structuré au sein du service du Département d’Information Médicale (DIM), dirigé par le Dr Lorenn BELLAMY, cheffe de service du DIM du CHU et du GHT.

Le Centre de Données Cliniques (CDC) est l’équipe en charge de l’EDS. Elle a été renforcée en 2024, comptant aujourd’hui six membres aux compétences complémentaires : data scientists, bio-informaticiens, épidémiologistes et experts en sécurité des données. Cette équipe pluridisciplinaire joue un rôle central dans l’exploitation des données hospitalières à des fins de recherche, d’amélioration des soins, et de soutien à l’innovation.

Le CDC se compose actuellement de 8 professionnels aux compétences complémentaires.

Le CDC travaille en étroite collaboration avec la Direction de la Recherche et de l’Innovation du CHU, une direction support certifiée ISO 9001, qui garantit un accompagnement de qualité, de gouvernance et de gestion des projets de recherche. 

Contexte 

Le partage de données de santé entre centres de recherche est essentiel pour mener des études plus robustes et obtenir des résultats statistiquement fiables. Cependant, l'hétérogénéité des systèmes d'information complexifie ces échanges. Chaque établissement dispose de son propre système d’information, organisé différemment. 

Pour répondre à cette difficulté, des standards comme OMOP ont été créés. Ils harmonisent la structure des   bases de données pour permettre aux centres de poser les mêmes questions à leurs données via des requêtes SQL standardisées. Chaque centre exécute ensuite ces requêtes localement sur ses propres données et partage uniquement les résultats. Cette approche, appelée « dirigée par la requête », est utile mais reste complexe à mettre en place et dépend beaucoup du niveau de maturité de chaque centre. Elle repose sur les data contracts, c’est-à-dire des documents qui décrivent ce qui est attendu dans les données, plutôt que la manière de les extraire. Il précise par exemple quelles variables doivent être présentes, dans quel format, et avec quelles règles de qualité. Chaque centre peut ainsi vérifier automatiquement que ses extractions respectent ces exigences, sans avoir à utiliser les mêmes requêtes SQL que les autres. 

Le standard Open Data Contract (ODCS) permet de formaliser ces exigences dans un fichier YAML (format de fichier texte). Les centres s’échangent alors ces contrats plutôt que des requêtes, ce qui simplifie la collaboration tout en s’adaptant aux spécificités locales de chaque entrepôt de données.  

Objectif du projet 

Le projet DATA CONTRAT, porté par le CHU de Brest, s’inscrit dans cette approche et vise à accompagner les acteurs de la donnée de santé dans l’adoption et l’opérationnalisation des data contracts.

Il ambitionne de fournir à la fois des ressources méthodologiques et des outils pratiques permettant de structurer, documenter et contrôler la qualité des données, tout en respectant la diversité des systèmes d’information et des organisations locales.
 

Méthodologie et caractère innovant 

Le projet repose sur l’utilisation de l’Open Data Contract Standard (ODCS) pour formaliser les exigences sur les données sous forme de fichiers YAML. Ces contrats décrivent les variables attendues et les règles de qualité associées, indépendamment des modalités techniques d’extraction.

Plusieurs livrables sont prévus :

• une documentation de référence à destination des acteurs de la donnée de santé, comprenant un guide d’utilisation des data contracts et des exemples pratiques illustrant différents cas d’usage ;
• une application web permettant de valider la conformité de données par rapport à un contrat.

Concrètement, l’utilisateur dépose sur l’application un fichier de données au format CSV ainsi que le contrat associé. L’application exécute alors localement un algorithme écrit en Python, via PyScript et WebAssembly, afin de vérifier automatiquement la conformité des données aux exigences du contrat.
Aucune donnée n’est transférée à l’extérieur, garantissant la confidentialité et la sécurité des informations traitées.

Le projet DATA CONTRAT est lauréat de la neuvième édition de l’appel à manifestation d’intérêt relatif à la Bibliothèque Ouverte d’Algorithmes en Santé (BOAS). Dans ce cadre, il bénéficie d’un soutien financier et d’un accompagnement dans l’ouverture de ses résultats. 

Résultat / Livrable attendu

Les résultats ainsi que la documentation associée et un outil en ligne de validation statistique seront publiés en open source.