Publication en open data de la base de données anonymisées de l’Allergen Chip challenge portant sur l’amélioration du diagnostic des allergies
Dans le cadre de son engagement en faveur de l’open science, le HDH annonce la mise en open data de la base de données Allergen Chip constituée dans le cadre du data challenge du même nom. Cette mise à disposition marque une étape clé très attendue par la communauté scientifique pour ses possibilités de réutilisation et d’innovation dans le domaine de l’allergologie.
Le data challenge Allergen Chip, porté par la Société française d’allergologie (SFA) et AllergoBioNet, avait pour objectif le développement d’outils d’intelligence artificielle pour améliorer le diagnostic des allergies. Les participants devaient créer des modèles d’apprentissage automatique reliant l’historique clinique au profil immunologique de plus de 4000 patients pour identifier les allergènes en cause dans une réaction allergique et prédire sa sévérité. La compétition lancée en 2023 a attiré plus de 300 compétiteurs ayant produit plus de 3000 algorithmes atteignant des performances de prédictions allant jusqu’à 80%.
Pour en savoir plus sur le data challenge Allergen Chip et ses résultats :
Mise en open data de la base de données anonymisées Allergen Chip
A l’issue de la compétition, les algorithmes lauréats ont été publiés en open source permettant ainsi de faire bénéficier de ce travail au plus grand nombre.
Au-delà du développement et de la publication d’algorithmes d’intelligence artificielle performants, ce data challenge a également été l’occasion de créer une base de données anonymisées, inédite, et de grande qualité rassemblant plus de 4000 bilans allergologiques associés aux données cliniques issues de 12 laboratoires d'allergologie français du réseau AllergoBioNet et de leurs homologues cliniciens.
Dans le cadre de son offre de service open data, le HDH a accompagné la SFA dans toutes les étapes de l’ouverture : depuis l’évaluation du caractère anonyme des données et de leur interopérabilité, à la documentation de celle-ci, en passant par le choix de la licence ou encore l’attribution d’un DOI garantissant la parentalité et la citation de la base.
Les données de l’Allergen Chip challenge sont désormais accessibles sur la plateforme data.gouv.fr :
Lien de la base de données Allergen Chip
Opportunités et perspectives associées à l’ouverture de la base Allergen Chip
Dans un contexte où plus de 150 millions d'Européens (20 %) souffrent aujourd’hui de maladies allergiques chroniques telles que l'asthme, et où l’OMS estime que la moitié de la population mondiale sera affectée par au moins une maladie allergique d'ici 2050, l’ouverture de telles données représente un réel enjeu de santé publique.
Couplée à des données environnementales, la base Allergen Chip pourrait permettre d’adresser des problématiques d’actualité ayant des conséquences socio-économiques majeures en partie liées au changement climatique ainsi qu’aux nouvelles habitudes de vie.
Dans la poursuite de ces travaux, l’équipe de la SFA explore notamment les possibilités de complétion des données manquantes par l’utilisation d’approches mathématiques et statistiques ce qui permettrait à l’avenir de compléter la base initiale.
Promotion de l'open science dans le domaine de la santé :
L'ouverture de la base de données Allergen Chip marque une étape importante dans la démarche d’ouverture de la science en santé et de la recherche.
D’autres initiatives telles que la mise en place d’une Bibliothèque ouverte d’algorithmes en santé (BOAS) ou l’organisation d’événements fédérateurs tels que la journée open science ou les meetups témoignent également de l’engagement continu du HDH à soutenir et promouvoir l’ouverture et l’accessibilité dans le domaine de la santé.
Pour en savoir plus sur l’offre de service du HDH, vous pouvez nous contacter à l’adresse opensource@health-data-hub.fr et également visionner le replay d’une intervention dédiée en suivant ce lien.