ONCOPROT RENAL 001

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Finalité de l'étude

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

- Rationnel :
60 % cent des patients atteints de cancer du rein présentent d’emblée ou secondairement des métastases.
Le traitement a été basé pendant plus de 10 ans sur les anti-angiogéniques en 1ère ligne, notamment le sunitinib. Plus récemment, les combinaisons d’immunothérapies ou d’anti- angiogéniques et d’immunothérapie ont montré une amélioration de la survie globale dans cette indication Actuellement, les recommandations précvonisent l’association d’immunothérapie (pembrolizumab) et anti angiogénique (axitinib) ou d’association d’immunothérapie (nivolumab et ipilimumab
Il n’est pas possible, à ce jour, de prédire en routine quels patients bénéficieront le mieux d’une monothérapie par antiangiogénique, par immunothérapie, de combinaisons d’immunothérapies ou encore d’antiangiogénique et d’immunothérapie.
Des études ancillaires des essais de phase III d’enregistrement de ces médicaments ont montré en substance que les patients ayant une tumeur exprimant plus fortement des gènes liés à l’angiogenèse ne bénéficiaient pas de l’ajout d’une immunothérapie, mais qu’a contrario ceux ayant des tumeurs avec profil immunosensible pouvaient tirer un avantage d’un traitement d’immunothérapie.
Notre hypothèse est que les profils d’expression protéiques pourraient permettre une optimisation de la prédiction de la réponse des cancers du rein aux traitements systémiques et donc d’aider au choix des traitements en renforçant l’efficacité attendue dans un groupe de patients donné plutôt qu’en utilisation générale. A ce jour, il n’a pas été rapporté d’étude protéomique dans ce domaine dans le cancer du rein.
La plateforme ONCOPROT a développé à l’Université de Bordeaux des nouvelles techniques d’analyse protéomique tissulaire permettant d’obtenir un grand nombre de données à partir de tissus inclus en paraffine. Ainsi Henriet et al ont pu établir grâce au profil protéique des adénomes hépatocellulaires, que l’expression d’ASS1 permettait de prédire le risque hémorragique, ce qui pourrait aider dans la décision de traiter ou non ces tumeurs bénignes.

- Objectifs :
Etudier les profils de dérégulation d’expression protéique chez des patients répondeurs et non répondeurs aux différents traitements standard en première ligne du cancer du rein métastatique, et d’établir une signature protéomique capable de prédire la réponse thérapeutique.

- Design de l'étude : Plusieurs étapes sont prévues pour étudier la relation entre la protéolytiques et la réponse au traitement :
1/ Analyse première de l'expression protéique des patients répondeurs et non-répondeurs au sunitinib en première ligne
2/ Puis étude similaire chez les patients traités par association d'immunothérapie (nivolumab et ipilimumab)
3/ Enfin étude de l'expression protéique chez les patients répondeurs ou non à la combinaison pembrolizumab et axitinib

- Population d'étude : Les patients seront recrutés au sein de la cohorte bordelaise de la base Uro-CCR
Groupe A : ayant reçu du sunitinib (20 patients)
Groupe B : ayant reçu du nivolumab et de l’ipilimumab (20 patients)
Groupe C : ayant reçu de l’axitinib et du pembrolizumab
Nous sélectionnerons deux cohortes de patients :
- Une cohorte de patients mauvais répondeurs (10 patients de chaque groupe A B et C)
- Une cohorte de patients long répondeurs (10 patients de chaque groupe A B et C)

- Critères d'inclusion :
- Patients de 18 ans ou plus atteints d’un carcinome rénal à composante à cellules claires majoritaire histologiquement prouvée.
- Naïfs de tout traitement néo adjuvant et adjuvant
- Ayant eu une néphrectomie totale (ou partielle avec matériel tissulaire non tumoral disponible) avec métastases synchrones ou métachrones
- Ayant les données cliniques et biologiques nécessaires pour établir leur pronostic selon la classification IMDC
- Ayant du matériel tumoral et non-tumoral disponible
Les patients seront appariés selon la présence de métastases synchrones ou métachrones, et leur pronostic IMDC bon, ou intermédiaire et mauvais.
- Critère d'exclusion : Absence de matériel disponible

- Protéomique :
Les tissus tumoraux et non tumoraux seront extraits des pièces opératoires (donc naïves de toute exposition à un traitement systémique) incluses en paraffine .Ces zones seront découpées par un microdissecteur laser). Trois réplicats techniques seront réalisées sur 3 coupes sériées pour augmenter la robustesse de quantification. Après extraction des protéines et réversion de la fixation, les protéines seront focalisées dans un gel SDS-PAGE.
Les protéines seront digérées dans le gel par la trypsine, puis les peptides seront extraits du gel et analysés. Les peptides seront ensuite identifiés grâce au logiciel Proteome discoverer avec deux algorithmes différents (Mascot et Sequest).
Les protéines seront identifiées avec au moins 2 peptides spécifiques de haut score (FDR<1%).

- Analyse des résultats cliniques et biologiques
Le traitement des données de protéomique sera réalisé par l’expert en bioinformatique et biostatistique de l’équipe Oncoprot. Un t-test de Mann and Whitney sera appliqué entre les deux groupes de patients bon et mauvais répondeurs. Une différence
d’expression sera considérée significative et pertinente si la p-value est inférieure à 0,05.
Les protéines dérégulées de façon significative entre les deux groupes constitueront la signature prédictive de la réponse au traitement.
Sa capacité à discriminer les deux groupes de patients bons ou mauvais répondeurs sera évaluée par clustering hiérarchique et analyse en composante principale (ACP). Une analyse biointégrative (Gene Set Enrichment Analyses), analyses d’interactomes fonctionnels (IPA, String proteins) permettra d’annoter les protéines composant cette signature, faire émerger des groupes fonctionnels et interpréter le lien entre leur fonction biologique et la réponse ou la non réponse au traitement par le sunitinib.
Les données de protéomique seront également confrontées aux données d'évolution clinique recueillies dans les dossiers médicaux.