LearnCHIP: Un algorithme pour mieux identifier les mutations non tumorales (CHIP) dans l’analyse génétique des cancers des patients âgés

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Finalité de l'étude

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

Contexte :
La biopsie liquide apparaît comme une alternative intéressante à la biopsie tissulaire pour le dépistage moléculaire, car elle est non invasive et potentiellement plus représentative de l’hétérogénéité tumorale. Cependant, chez les patients âgés, cette approche est particulièrement biaisée par la détection de clones hématopoïétiques (CH) mutés. Sans comparaison avec les globules blancs (GB), ce biais peut impacter la prise en charge thérapeutique des patients.

Objectif principal :
Développer un modèle d’intelligence artificielle capable de prédire l’origine des variants détectés dans le plasma :
o En particulier pour les gènes impliqués à la fois dans la carcinogenèse tissulaire et les CH
o Chez les patients de plus de 60 ans
o Sans séquençage supplémentaire des GB

Méthodologie :
Nous nous appuierons sur une vaste base de données de variants plasmatiques dont l’origine CH ou tumorale est définie. Nous émettons l’hypothèse qu’en les associant à des caractéristiques pertinentes et immédiatement disponibles, nous obtiendrons un modèle prédictif performant. Ce projet s’appuie sur le programme BIP (NCT02534649), qui propose pour chaque patient un criblage moléculaire étendu sur biopsie tissulaire et liquide, ainsi que sur un échantillon de sang total. Cette étude translationnelle s’inscrit dans le cadre de la recherche n’impliquant pas d’humains (MR-004).
L’origine des variants plasmatiques sera déduite du croisement des données moléculaires tumorales, plasmatiques et leucocytaires sur une cohorte de plus de 7 500 variants annotés à des caractéristiques cliniques et moléculaires.
5 équipes seront mobilisées pendant trois ans pour réaliser cinq work-packages.

Population étudiée :
o Patients dont l'âge au moment du prélèvement plasmatique est supérieur ou égal à 60 ans.
o Patients inclus dans le programme de screening BIP et ayant signé un formulaire de consentement éclairé spécifique.
o Patients présentant un carcinome avancé et/ou métastatique de l'ovaire, de la prostate, du sein ou du pancréas.
o Screening moléculaire sur biopsie liquide sans échec technique
o Patients présentant au moins un variant plasmatique non germinal (VAF<40%) détecté sur l'une des régions génétiques ciblées par le panel NGS utilisé sur ADN leucocytaire.
o Délai entre le prélèvement sanguin BIP et la biopsie liquide inférieur ou égal à 8 jours.