IMCOR

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Finalité de l'étude

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

Ce projet s'inscrit dans le cadre de l'exécution d'une mission d'intérêt public dans le domaine de la santé. Le traitement des données de santé est nécessaire à des fins de recherche scientifique tel que prévu à l'article 9.2.j du RGPD.

Les cancers du rein à translocation de la famille MiT (CRT) représentent un groupe rare de cancers du rein, survenant souvent chez les enfants et les adultes jeunes. Les CRTs sont caractérisés par des translocations impliquant les facteurs de transcription TFE3 et TFEB. Peu de choses sont connues sur les mécanismes impliqués dans leur hétérogénéité moléculaire. L’histoire naturelle des CRTs varie en fonction de l’âge et du statut TNM. Cependant, la base moléculaire de l’agressivité tumorale est peu connue. L’objectif principal de cette étude est de déterminer les altérations génétiques associées aux formes agressives, définies comme étant les CRTs métastatiques d’emblée. Pour résoudre cette problématique, un registre clinique des CRTs survenant chez les enfants et les adultes sera créé et des études multi-omiques intégratives, pour identifier des biomarqueurs génétiques associés à la survenue de métastases seront réalisées. Une comparaison sera également faite entre les CRTs et d’autres formes de cancers du rein rares.

Objectif principal : Compréhension des maladies

Objectifs secondaires :
- Valider les biomarqueurs associés aux formes agressives de CRTs dans un échantillon de population indépendant.
- Identifier une association entre les caractéristiques moléculaires des tumeurs et les données clinico- pathologiques des patients.
- Identifier des voies oncogénétiques spécifiques aux CRTs impliquant le facteur de transcription TFE3 en comparaison aux CRTs impliquant le facteur de transcription TFE3 en comparaison aux CRTs impliquant le facteur de transcription TFEB.
- Définir la contribution de la méthylation de l'ADN dans le potentiel métastatique.
- Analyser l'hétérogénéité génétique et épigénétique des CRTs de manière exploratoire.
- Analyser les altérations du microenvironnement immunitaire tumoral et leur association avec les altérations génétiques.
- Analyser les variations d'expression des voies transcriptomiques de l'ensemble des tumeurs associées à un facteur de transcription TFE3 anormal ("TFE3ome").
- Analyser la pertinence des altérations génétiques identifiées au cours de l'étude en utilisant des modèles in vitro et in vivo préétablis.
- Comparer les altérations moléculaires des cancers du rein à translocation à d'autres cancer du rein rares.

Critère d'évaluation principal : Identifier les mutations récurrentes et/ou des variants de nombre de copies et comparer les anomalies associées aux cas métastatiques ou localisés.

Critères d'évaluation secondaires :
- Valider les mutations récurrentes et/ou des variants structuraux et de nombre de copies identifiés dans un échantillon de cas de CRTs indépendant.
- Définir l'incidence et les caractéristiques clinico- pathologiques et immunitaires des cas de CRTs en fonction de l'identité des partenaires de fusion.
- Comparer le profil d'expression génétique, le profil de méthylation de l'ADN et le microenvironnement immunitaire des groupes de cancers à translocations TFE3 et TFEB d'une part et des cancers à translocations TFE3 possédant différents partenaires de fusion d'autre part.
- Comparer la proportion de patients avec une maladie métastatique au sein de différents sous-types basés sur le transcriptome et le méthylome.
- Analyser le pourcentage de gènes mutés communs aux différentes sections d'un même CRTs primaire.
- Définir le taux d'expression CD3, CD4, CD8 et PD-L1 et corréler ce taux à la charge tumorale mutationnelle, aux variants structuraux et à l'identité du partenaire de fusion.
- Identifier la signature génétique spécifique associée à chaque sous-type de cancers à translocation TFE3 : aux CRTs, aux sarcomes alvéolaires des parties molles et aux tumeurs des cellules épithélioïdes périvasculaires.
- Utiliser des approches de gain et perte de fonction pour étudier les propriétés oncogéniques de différents transcrits de fusion TFE3 et TFEB afin de valider les données translationnelles obtenues.
- Analyser les voies de signalisation, les mutations, le microenvironnement et les altérations épigénétiques spécifiquement altérées dans les CRTs versus les autres types de cancers rare du rein.

Critères d'éligibilité :
- partie clinique : patients pris en charge pour un cancer du rein rare dans un centre en France
- partie moléculaire : patients dont du matériel tumoral est stocké dans un centre de ressources biologiques avec consentement adéquat associé

Critère de non éligibilité : Opposition du patient