Etablissement du profil d'expression génique pronostique dans le cancer du sein par séquençage Nanopore – Nanopore

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Finalité de l'étude

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

Le séquençage Nanopore est une technologie innovante qui permet le séquençage en temps réel des séquences longues d’acides nucléiques, fournissant ainsi une meilleure résolution des régions génomiques complexes. Son application pour l’établissement de profil de l'expression génétique pronostique dans le cancer du sein représente une avancée significative dans le domaine du diagnostic de précision. En analysant les profils d'expression de l'ARN des cellules tumorales du cancer du sein, les chercheurs cliniciens peuvent mieux comprendre la biologie de ces tumeurs, identifier des cibles thérapeutiques potentielles et participer à l’amélioration de la précision du pronostic des patients traités. L'intégration du séquençage Nanopore dans l’activité clinique quotidienne pourrait transformer la prise en charge des patients atteints d’un cancer du sein, en rendant les diagnostics plus rapides, moins chers, plus précis et accessibles directement sur le lieu de prise en charge, sans qu'il soit nécessaire de disposer d'un laboratoire de biologie moléculaire spécialisé et d'une infrastructure et d'une expertise en bioinformatique.
Le projet vise à évaluer l'efficacité du séquençage Nanopore dans l'analyse de l'expression génique à partir de tissus paraffinés (FFPE), en vue d’établir un profil d'expression génique pronostique dans le cancer du sein en comparaison aux techniques existantes Prosigna® et Oncotype DX®.
Cette étude de faisabilité technique va permettre : (1) de mettre au point la technique de l’analyse du profil de l’expression génique pronostique dans le cancer du sein par la technique Nanopore sur tissus FFPE ; (2) de comparer les résultats obtenus par la technique Nanopore à celles de Prosigna® et d’Oncotype DX®.
Ces résultats seront corrélés à la réponse clinique et pourra peut-être aboutir à la découverte de nouveaux biomarqueurs d’intérêt.
L’étude inclut des patientes prises en charge pour un cancer du sein au centre Oscar Lambret (n=20).
Après vérification des critères d’inclusion et de la non-opposition, les échantillons FFPE tumoraux seront transférés directement vers le laboratoire de recherche UKHSA pour analyse.
Les résultats seront corrélés aux données cliniques.