Analyse du mycobiote (microbiote fongique) de l’intestin grêle chez des volontaires sains à l’aide du dispositif médical de Pelican Health. MYCODIGEST

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Finalité de l'étude

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

Le microbiote intestinal a été surtout étudié par sa composition en bactéries et surtout sur des échantillons de selles considérés comme représentatifs du microbiote du colon. Le microbiote de l’intestin grêle, de par son accessibilité limitée, a été peu décrit. Les rares études de ce microbiote bactérien du grêle montre des différences importantes par rapport au microbiote des selles, liées notamment au cycle des acides biliaires très présents au niveau du grêle1. Les populations fongiques sont rarement décrites alors qu’elles sont complémentaires des bactéries et participent au maintien de l’équilibre du microbiote. Les conditions au niveau du grêle (pH bas, pO2 élevée, biomasse bactérienne faible) suggèrent une biomasse fongique et une diversité plus élevées que dans les selles.
L’étude DIGEST (NCT05477069) réalisée d’octobre 2022 à novembre 2023 au CHUGA a permis de collecter des échantillons de liquide intestinal et de selles provenant de volontaires sains. Cette étude, à travers la thèse de doctorat d’Alexandre Tronel (https://theses.fr/s410540) a permis d’établir la faisabilité des analyses omiques sur ces échantillons. Ainsi, le liquide intestinal prélevé grâce au dispositif médical (DM) de l’entreprise Pelican Health peut être utilisé pour décrire le microbiote bactérien de l’intestin grêle par les méthodes de metagénomiques bactériennes (sur amplicons 16S et en shotgun), métabolomique et culturomique. Les mêmes analyses ont été réalisées sur les selles dans le cadre de cette investigation clinique, permettant une comparaison entre le contenu de l’intestin grêle et les selles.
Nous proposons d’utiliser les échantillons de liquide d’intestin grêle et de selles de [reliquats de l’étude DIGEST mis en collection (collection d’hépato-gastro-entérologie CRB03 AC2014-2094du CHUGA)] pour faire des analyses métagénomiques fongiques par amplicons ITS2 et ainsi de décrire le mycobiote de l’intestin grêle, des selles et d’établir une comparaison entre les deux. La collection de liquide intestinal et des selles est le moyen d’investiguer / répondre aux questions d’intérêts.
Pour cette étude, nous faisons l’hypothèse que la richesse et la diversité du mycobiote dans les échantillons intestinaux seront plus importantes que dans les selles, à l’inverse du microbiote bactérien (bactérome).