Développement d'un algorithme de repérage des individus avec des limitations motrices ou organiques à partir des données de l'Assurance maladie en France.
Lien vers le repo : GitLab
Objectifs de l’algorithme
L'algorithme cherche à identifier les individus présentant des limitations fonctionnelles motrices ou organiques, en se basant sur les données de consommation de soins disponibles dans les données du Système national des données de santé (SNDS).
Auteur(s)
Domaine médical
Méthodologie
L'algorithme utilise les informations du Système national des données de santé (SNDS) en France. Il classe les données selon la présence de limitations fonctionnelles en catégories telles que "avérée", "potentielle" ou "pas de limitation". Il crée un indicateur binaire de limitation fonctionnelle motrice ou organique en se basant sur les informations recueillies entre 2012 et 2019. Pour une explication plus détaillée des décisions prises lors du développement de l'algorithme, voir le rapport Irdes n°587 d'avril 2023.
Langage de programmation
Données utilisées
Données d'application
Les données utilisées proviennent du Système national des données de santé (SNDS) en France, comprenant les codes traceurs de la Classification internationale des maladie (Cim) issus des motifs d’exonération (affection longue durée, invalidité, longue maladie) ou d’hospitalisation (en MCO, SSR, rimp), les actes de chirurgie, les dispositifs médicaux, les médicaments, les actes des professionnels de santé et les séjours en soins de suite et de réadaptation (SSR). Elles couvrent la période allant de 2012 à 2019.
Validation
L'algorithme a été développé et validé en utilisant les données du SNDS. Il permet d'estimer le nombre de personnes avec une limitation motrice ou organique chaque année pouvant provoquer une situation de handicap. Les performances sont décrites dans le rapport Irdes n°587 d'avril 2023.
Date de dernière mise à jour
Il s’agit de la version 1.0 créé en SAS. L'implémentation en Python est prévue courant 2024
Maintenance
Comment installer l’algorithme ?
Pour lancer l’algorithme moteur sur le portail SNDS, il faut importer les programmes suivants :
- 001_FISH_Moteur_LPP_PopG.sas
- 002_FISH_Moteur_Medic_PopG.sas
- 003_FISH_Moteur_CCAM_PopG.sas
- 004_FISH_Moteur_MotifE1_PopG.sas
- 005_FISH_Moteur_MotifHop1_PopG.sas
- 006_FISH_Moteur_kine_PopG.sas
- 007_FISH_Moteur_Inf_PopG.sas
- 008_FISH_Moteur_MotifE2_PopG.sas
- 009_FISH_Moteur_MotifHop2_PopG.sas
- 010_FISH_Moteur_Phonie_PopG.sas
- 011_FISH_Moteur_SSR_PopG.sas
- 012_FISH_Moteur_LIMITM_Indv_PopG.sas
- 013_FISH_Moteur_Pluri_2012_2019_PopG.sas
- 014_FISH_Algorithme_TransV.sas
- Lancement_Asynchrone_Fish_Moteur
MultiTranspose
Il faut également importer plusieurs fichiers Excel qui servent de nomenclature de codages des maladies, des actes médicaux etc
Les tables de nomenclatures mises à disposition :
- Base_cim10 : liste des pathologies (CIM10) avec des limitations associées ;
- LPP_moteur_source : liste des produits et prestations (LPP) avec des limitations associées ;
- Medicament_source : liste des médicaments (CIP13) avec des limitations associées ;
- Med_liste_sus_source : liste des médicaments (UCD13) prescrit lors d’une hospitalisation avec des limitations associées ;
- Ccam_moteur_source : liste des actes médicaux (CCAM) avec des limitations associées ;
- Correspondance_ccam_ccam : Liste des couples CCAM – CCAM qui réparent un acte médical.
- Corresp_cim_ccam_casse : Liste des couples CIM10 – CCAM qui cassent un diagnostic.
- Corresp_cim_ccam_repare : Liste des couples CIM10 – CCAM qui réparent un diagnostic.
- Corresp_cim_cim_casse : Liste des couples CIM10 – CIM10 qui cassent un diagnostic.
Comment utiliser l’algorithme ?
Les programmes 001 à 011 servent à créer les limitations pour chaque traceur.
Le programme « 012_FISH_Moteur_LIMITM_Indv_PopG.sas » synthétise les informations issues des traceurs et permet de créer une limitation individuelle pour une année donnée.
Ces programmes sont à lancer en asynchrone sur le portail grâce au programme « Lancement_Asynchrone_FishMoteur.sas » qui doit être installé localement sur l’ordinateur. Ce dernier lancera le programme « 014_FISH_Algorithme_TransV.sas » qui lancera la compilation de chaque programme successivement pour les années définies.
Le programme « 013_FISH_Moteur_Pluri_2012_2019_PopG.sas » doit être compilé manuellement après tous les traitements. Il permet d’obtenir la limitation motrice finale des individus compte tenu de leur situation entre 2012 et 2019.
Support
Crédits
Le macroprogramme SAS MultiTranspose créé par Patrick Blisle est utilisé.
Source : https://www.medicine.mcgill.ca/epidemiology/Joseph/PBelisle/MultiTranspose.html
Licence et conditions d’utilisation
Apache 2.0
Autre
Reconstitution du numéro d'ALD à partir des recommandations du Health dataHub :
https://documentation-snds.health-data-hub.fr/snds/fiches/beneficiaires_ald.html#programmes