Développement d'un algorithme de repérage des individus avec des limitations psychiques, intellectuelles ou cognitives à partir des données de l'Assurance maladie en France.
Lien vers le repo : Gitlab
Objectifs de l’algorithme
L'algorithme cherche à identifier les individus présentant des limitations psychiques, intellectuelles et cognitives, en se basant sur les données de consommation de soins disponibles dans les données du Système national des données des santé (SNDS).
Auteur(s)
Domaine médical
Méthodologie
L'algorithme utilise les informations du Système national des données de santé (SNDS) en France. Dans une étape intermédiaire, il classe les données selon la catégorie de limitations "avérée", "potentielle" ou "pas de limitation" entre 2012 et 2019. Pour créer un indicateur binaire de limitation psychiques, intellectuelles et cognitives en 2019. Pour une explication plus détaillée des décisions prises lors du développement de l'algorithme, voir le rapport Irdes n° 592 de septembre 2024.
Langage de programmation
Données utilisées
Données d'application
Les données utilisées proviennent du Système national des données de santé (SNDS) en France, comprenant les codes traceurs de la Classification internationale des maladie (Cim) issus des motifs d’exonération (affection longue durée, invalidité, longue maladie) ou d’hospitalisation (en MCO, SSR, rimp), les médicaments, les actes des professionnels de santé et les séjours en soins de suite et de réadaptation (SSR). Les données des établissements médico-social (ESMS) sont aussi mobilisées. Elles couvrent la période allant de 2012 à 2019.
Validation
L'algorithme a été développé et validé en utilisant les données du SNDS et en comparant les résultats avec ceux de l’enquête vie quotidienne et santé (VQS) de 2021. Les résultats sont décrits dans le rapport Irdes n° 592 de septembre 2024.
Date de dernière mise à jour
Il s’agit de la version 1.0 créé en SAS. L'implémentation en Python est prévue courant 2024
Maintenance
Comment installer l’algorithme ?
Pour lancer l’algorithme PIC sur le portail SNDS, il faut importer les programmes suivants :
- 001_FISH_PSY_MotifE_PopG.sas
- 002_FISH_PSY_Medic_PopG.sas
- 003_FISH_PSY_CCAM_PopG.sas
- 004_FISH_PSY_MCO_PopG.sas
- 005_FISH_PSY_RIMP_PopG.sas
- 006_FISH_PSY_PHONIE_PopG.sas
- 007_FISH_PSY_SSR_PopG.sas
- 008_FISH_SSR_Sevrage_PopG.sas
- 009_FISH_PSY_LIMITP_INDV.sas
- 010_FISH_PSY_Pluri_2012_2019.sas
- 011_FISH_PSY_lancement_pgm.sas
- Lancement_Asynchrone_Fish_psy
MultiTranspose.sas
Les programmes suivants permettent de créer la table « Pop_Franc » qui est une synthèse de la population française :
- Resid_ESMS.sas
- Extract_tutelle.sas
- Extract_petit_regime.sas
- AAH_and_consommant.sas
- Popultation_française_fish.sas
- Lancement_population_franc.sas
Le macroprogramme SAS %MultiTranspose créé par Patrick Blisle est utilisé. Il est possible de le télécharger ici : https://www.medicine.mcgill.ca/epidemiology/Joseph/PBelisle/MultiTranspose.html
Il faut également importer plusieurs fichiers Excel qui servent de nomenclature de codages des maladies, des actes médicaux etc.
Les tables de nomenclatures mises à disposition :
- Base_cim10 : liste des pathologies (CIM10) avec des limitations associées ;
- Medicament_source : liste des médicaments (CIP13) avec des limitations associées ;
- Med_liste_sus_source : liste des médicaments (UCD13) prescrit lors d’une hospitalisation avec des limitations associées ;
NGAP_phonie : liste des actes de la nomenclature générale des actes professionnels (NGAP) avec des limitations associées
Comment utiliser l’algorithme ?
Les programmes 001 à 008 servent à créer les limitations pour chaque traceur.
Le programme « 009_FISH_PSY_LIMITP_INDV.sas» synthétise les informations issues des traceurs et permet de créer une limitation individuelle pour une année donnée.
Ces programmes sont à lancer en asynchrone sur le portail grâce au programme « Lancement_Asynchrone_Fish_psy.sas » qui doit être installé localement sur l’ordinateur. Ce dernier lancera le programme « 011_FISH_PSY_lancement_pgm.sas» qui lancera la compilation de chaque programme successivement pour les années définies.
Les programmes « Resid_ESMS », « Extract_tutelle », « Extract_petit_regime », « AAH_and_consommant », « Popultation_française_fish » permettent de créer la table « Pop_Franc » la plus représentative possible de la population française contenant les informations usuelles : année de naissance, département et commune de résidence etc. Elle contient également des tops sur l’AAH, la CMU, le RSA, la tutelle et la détention. Ils doivent tous être lancés à partir du programme Lancement_population_franc.sas. Ils doivent être traité avant le programme « 010_FISH_PSY_Pluri_2012_2019.sas » qui fait appelle à la table « Pop_Franc ».
Le programme « 010_FISH_PSY_Pluri_2012_2019.sas » doit être compilé manuellement après tous les traitements. Il permet d’obtenir la limitation PIC finale des individus compte tenu de leur situation entre 2012 et 2019.
Support
Crédits
Le macroprogramme SAS %MultiTranspose créé par Patrick Blisle est utilisé.
Source : https://www.medicine.mcgill.ca/epidemiology/Joseph/PBelisle/MultiTranspose.html
Licence et conditions d’utilisation
Apache 2.0
Autre
Reconstitution du numéro d'ALD à partir des recommandations du Health dataHub :
https://documentation-snds.health-data-hub.fr/snds/fiches/beneficiaires_ald.html#programmes