CARE-HN : Extraction d'enregistrements assistée par ordinateur - Cancer de la tête et du cou

Objectif(s) de la recherche et intérêt pour la santé publique

Finalité de l'étude

Objectifs poursuivis

Domaines médicaux investigués

Bénéfices attendus

Intérêt pour la santé publique : Cette étude permettrait de prouver l’efficacité d’un système de recueil automatisé de données médicales. Cela permettrait un gain de temps médical extra clinique conséquent, et par conséquent de faciliter la recherche clinique à l’avenir.

Objectif : Créer et de valider une base de données réelle sur le carcinome épidermoïde de la tête et du cou à l'aide de comptes rendus médicaux.

Méthodologie : Les cas sont sélectionnés à partir de l’extraction du Département d’Information Médicale de l’IUCT-O selon les critères d’inclusion et les dates de ciblage.
Tâche 1 - Identification des paramètres clés
Dans cette tâche, les variables d'intérêt seront identifiées en étroite collaboration entre le biostatisticien et le clinicien. Les variables seront classées en données de priorité 1 et de priorité 2 comme suit :
- Priorité 1 : Essentielle : données considérées comme essentielles pour la compréhension des résultats du projet.
- Priorité 2 : Complémentaire : données considérées comme complémentaires, mais non essentielles.
Une analyse manuelle des corpus dans chaque type de compte-rendu sera réalisée. Ce prétraitement permettra d'identifier les informations nécessaires pour remplir les variables cibles.
Tâche 2 - Extraction des paramètres clés
Des algorithmes seront développés par Lifen pour extraire les paramètres clés directement à partir des comptes rendus médicaux. Les algorithmes seront appliqués à une cohorte de SCCHN traités à l'IUCT-O.
Tâche 3 - Validation
Afin de déterminer si l'approche basée sur les comptes rendus médicaux (c'est-à-dire la base de données Lifen) est fiable pour extraire efficacement les entités cibles, nous comparerons les données extraites à une base de données développée sous Microsoft Access (appelée base de données ARC) remplie par un assistant de recherche clinique (ARC) . Les données collectées seront intégrées dans un fichier ACCESS sécurisé par un mot de passe. La concordance des données de la base Lifen et la base de données ARC sera mesurée pour chaque élément à l’aide du taux de concordance global.
Les désaccords entre Lifen et la base de données de l'ARC seront étudiés. Des réunions seront organisées pour étudier les causes des divergences.
Nous avons conçu le processus suivant en trois étapes pour notre analyse des désaccords :
1) Nous commencerons par inspecter manuellement les instances et les exemples de désaccord.
2) Nous extrayons un modèle de désaccord à partir d'exemples similaires et formulons la définition du modèle.
3) Pour chaque désaccord, nous déterminerons si la véritable modalité correspond à la base de données ARC ou à la base de données Lifen. Après cette comparaison, une base de données de référence sera définie.
La précision de la base de données Lifen et de la base de données ARC par rapport à la base de données de référence sera également calculée comme suit : Précision (PPV) = TP/(TP+FP) où TP et FP sont, respectivement, les résultats vrai-positif et faux-positif.
Nous mesurerons le temps nécessaire à l'extraction des variables d'intérêt et à l'alimentation automatique de la base de données cible. Nous mesurerons le temps nécessaire à l'attaché de recherche clinique pour compléter la base de données.

Les données collectées sont recueillies dans le fichier Access ou dans la Lifen Data Base sécurisés par des mots de passe. Un numéro de pseudonymisation sera attribué à chaque patient dans chaque base de données. Une table de correspondance entre le numéro de pseudonymisation et le numéro de dossier patient (IPP ou ID Lifen) sera réalisée dans un autre fichier sécurisé séparé de la base de données (dossier et serveur séparés). Un autre fichier de correspondance IPP patient/ID Lifen sera généré selon les mêmes modalités de sécurité.

Les bases de données et les tableaux de correspondance contet les numéros de dossiers seront conservés de façon sécurisée sur le système d’information jusqu’à 2 ans après la publication des premiers résultats puis archivées de façon intermédiaire pendant 5 ans avant d’être totalement anonymisées ou détruites.

Population étudiée :
Type de tumeur : Tumeur de la sphère ORL
Critères d’inclusion des cas :
- Carcinome épidermoïde de la tête et du cou
- Pris en charge à l’Oncopole

Critères d’exclusion :
Aucun.