HEPAVIR ALGO
Contexte
En France, selon l’Assurance Maladie, 135 706 adultes âgés de 18 à 75 ans étaient atteints d'une hépatite B chronique (VHB) en 2016. Cette maladie se propage par le sang, le sperme et les sécrétions vaginales, principalement lors de rapports sexuels non protégés avec une personne infectée, ou par le partage d'aiguilles ou de matériel de consommation de drogues. Aussi, une mère non traitée peut transmettre le VHB à son enfant. Après une période d'incubation d'un à six mois, l'infection par le VHB peut provoquer une hépatite aiguë, entraînant des symptômes tels que de la fièvre, des nausées, des vomissements, une urine foncée et des selles claires chez environ la moitié des patients, tandis que d'autres restent asymptomatiques. Même si environ 90 % des personnes infectées éliminent naturellement le virus après cette phase aiguë, certains développent une hépatite B chronique, pouvant causer des dommages au foie pendant des années sans symptômes évidents. Les traitements antiviraux peuvent aider à contrôler la réplication du virus et à limiter ces dommages, mais ne permettent pas une guérison complète.
L'hépatite C se transmet de la même manière que l’hépatite B. Mais, contrairement à l’hépatite B, environ 70 % des personnes infectées n'éliminent pas le virus de manière naturelle et développent une hépatite C chronique. L'hépatite C chronique est responsable, à plus ou moins brève échéance, d'une fibrose du foie et dans 15 à 30 % des cas d'une cirrhose après plusieurs années d'évolution. Toutefois, les traitements actuels permettent de guérir de l’hépatite C si elle est prise en charge à temps.
Pour les deux pathologies, le dépistage précoce de l'infection est crucial pour limiter les complications graves telles que la cirrhose et le cancer du foie. Des tests sanguins conventionnels ainsi que des Tests Rapides d’Orientation Diagnostique (TROD) peuvent être utilisés pour dépister la maladie.
Objectif du projet
Le projet HEPAVIR-Algo, mené par l'iPLesp, est terminé. Il a permis de développer un algorithme de ciblage permettant de repérer les patients diagnostiqués avec une hépatite B ou C dans la base principale du Système National des Données de Santé (SNDS). Cette démarche vise à identifier combien de personnes sont concernées à l'échelle nationale et régionale.
Le projet HEPAVIR-Algo souhaite ainsi améliorer le parcours de soins des personnes concernées, en leur proposant des services adaptés (dépistage, traitements, rendez-vous avec un addictologue, etc.). Plus précisément, ce projet cherche à perfectionner un précédent travail de l'iPLesp qui visait à identifier les patients atteints du VHB ou du VHC en utilisant des méthodes avancées telles que l'apprentissage automatique (Machine Learning). De plus, il explore des sous-catégories de ces maladies qui n'ont pas été étudiées jusqu'à présent, comme les patients atteints de cirrhose, les co-infections avec l'hépatite Delta, ou les porteurs sains.
Méthodologie et caractère innovant
Le projet introduit plusieurs innovations par rapport aux algorithmes de ciblage habituels développés sur la base principale du SNDS. Contrairement à la méthode traditionnelle où les variables pertinentes sont sélectionnées manuellement par des experts médicaux, les modèles de Machine Learning permettent de choisir automatiquement ces variables et d'améliorer les performances de l'algorithme de ciblage.
Le projet HEPAVIR-Algo a été sélectionné lors de la deuxième vague de l'appel à manifestation d'intérêt Bibliothèque Ouverte d'Algorithmes en santé (AMI BOAS). Dans ce cadre, le Health Data Hub a mis à disposition un data scientist pour faciliter la production de résultats et l'analyse des données de la base principale du SNDS dans le but de développer de nouveaux algorithmes.
Résultat / Livrable
Les algorithmes de détection sont disponibles en open source dans la bibliothèque BOAS développée par le HDH. Les codes développés en R, sont adaptés à la plateforme de l’Assurance Maladie pour importer et traiter les données de la base principale du SNDS, puis effectuer le ciblage.