DEEPSARC : sous ensemble (patients incidents et opérés de leur sarcome primitif) de la base nationale sarcomes apparié avec les données de la base principale du SNDS
Identification de la base
Référence catalogue du SNDS
Non attribuée à date
Responsable scientifique
Caractéristiques des données
Objectif initial de la base
Les objectifs initiaux de la base nationale sarcomes (non appariée à la base principale du SNDS) sont :
- de recueillir, tracer et gérer les indicateurs nationaux de qualité de prise en charge des patients atteints de sarcome :
- pour l'activité de double lecture anatomopathologique : le recensement de tous les cas incidents, les discordances de diagnostics, les délais de relecture, les techniques utilisées ;
- pour l'activité de discussion pluridisciplinaire des RCP (réunion de concertation pluridisciplinaire) : les patients incidents et patients en suivi, la qualité de la prise en charge (biopsie, imagerie, chirurgie, passage en RCP spécialisée), le devenir des patients (rechute, décès), l'inclusion dans les essais cliniques.
- de disposer d'un outil pour améliorer les connaissances et les pratiques dans ce domaine ;
- de constituer un modèle d'organisation des informations en cancérologie.
La base DEEPSARC mise au catalogue constitue un sous-ensemble de la base sarcomes nationale, constitué des patients incidents atteints de sarcomes ayant eu une chirurgie de leur tumeur primaire. Grâce à l’appariement avec les données de la base principale du SNDS, la base DEEPSARC permet :
- L’obtention de données épidémiologiques de survie (1 an/3 ans/5 ans) concernant l’ensemble des patients atteints de sarcome opérés de leur tumeur.
- L’obtention de données de suivi pour l’ensemble des patients atteints de sarcome opérés de leur tumeur.
- La description des parcours de soins pour l’ensemble des patients atteints de sarcome opérés de leur tumeur.
- De connaître l’impact des traitements néo adjuvants et adjuvants sur la survie des patients atteints de sarcome opérés dans une population en vie réelle.
- D’identifier des sous-groupes de patients tirant bénéfice ou non des traitements (néo)-adjuvants afin d’optimiser les prises en charge.
Domaine médical
Population d'intérêt
Patients atteints de sarcomes (tous types, toutes localisations, tout âge) diagnostiqués entre 2010 et 2017 inclus, opérés de leur tumeur primaire.
Effectif cible
24 539 patients
Profondeur historique
De 2010 à 2017
Mise à jour
La collecte des données est encore en cours.
Une mise à jour de la base DEEPSARC pourra être effectuée, par un nouvel export de la base nationale sarcomes, grâce à un travail collaboratif entre les équipes de la base sarcomes et du Health Data Hub (l’appariement indirect étant une étape conséquente à mettre en œuvre), une fois le statut de la base sarcomes nationale mis à jour (discussion CNIL en cours).
Catégories des données
Nature des données
Les données de la base DeepSarc sont de 4 types :
- Données administratives
- Données cliniques
- Données d'anatomopathologie.
- Données de traitement (via la base principale du SNDS)
Toutes les données sont structurées (pas de texte en clair), la majorité avec des menus déroulants déclinés de standards utilisés pour les sarcomes.
Appariement avec le NIR
Le NIR (Numéro d’Inscription au Répertoire, ou encore numéro de sécurité sociale) peut être utilisé pour apparier deux bases de données entre elles.
La base DeepSarc ne contient pas le NIR. Néanmoins un appariement indirect a été réalisé entre la base de données DeepSarc et la base principale du SNDS.
Documentation de la base
Dictionnaires de données et documentation
Programmes facilitant l'exploitation des données
Qualité
Processus de collecte
La collecte des données a été réalisée de trois façons :
- pour les données d’anatomo-pathologie : la collecte est réalisée par le pathologiste qui effectue la seconde lecture du diagnostic ou par l’ARC référent sarcomes dans les centres, dans une interface spécifique.
- pour les données cliniques : collecte réalisée par l’ARC/TEC/secrétaire médicale (ou l’oncologue médical dans 3 centres), dans une interface spécifique.
- Les données de traitement et relatives aux parcours ont été collectées dans la base principale du SNDS.
Contexte de saisie le cas échéant
Le contexte de saisie des données est le suivant :
- pour les données d’anatomo-pathologie : la collecte est réalisée lors de la double lecture de chaque suspicion ou nouveau diagnostic de sarcomes. Il s’agit d’une des missions principales du réseau de référence des sarcomes NETSARC+.
- pour les données cliniques : la collecte est réalisée suite au passage du dossier dans l’une des 25 réunions de concertation pluridisciplinaires (RCP) sarcomes (RCP cancers rares labellisées par l’Institut National du Cancer). Il s’agit d’une des missions principales du réseau de référence des sarcomes NETSARC+.
Les données d’anatomopathologie et cliniques sont saisies par du personnel dédié, il n’y a pas d’interfaçage avec un système d’information.
- Données de la base principale du SNDS.
Processus qualité
Plusieurs mécanismes permettant de garantir la qualité des données collectées ont été mis en place :
- aide à la saisie : les items apparaissent en fonction de la réponse saisie pour l’item précédent (ex : la case du grade n'apparaît que si l’histotype est gradable, la localisation est forcément profonde si le type de tumeur coché est « viscéral », l’item « Cancer survenue durant la grossesse » n'apparaît que pour les femmes, etc.....) ;
- procédure de vérification des données (vérification de la cohérence et des données manquantes et mise en place d'un circuit de correction et de mise à jour) ;
- contrôles de cohérence à la saisie pour les dates et certaines valeurs numériques (message d’erreur demandant de vérifier la donnée saisie) ;
- messages de couleur en fin de saisie indiquant les problèmes (données incomplètes ou manquantes) ;
- query disponible en ligne pour chaque centre permettant de vérifier la qualité globale de saisie avec le pourcentage de données manquantes par item ;
- mise à jour et contrôle des données par groupes de patients à l’occasion d’études cliniques dédiées.
Délégué à la protection des données (DPD)
Réglementaire
Encadrement réglementaire de la base
Autorisation CNIL : Autorisation CNIL N° 910390, décision DR-2013-383 obtenue le 15 juillet 2013 pour la mise en place d’une base de données nationale pour les centres de référence clinique et anatomopathologique des sarcomes (= réseau de référence sarcomes).
Durée de conservation des données
La durée de conservation des données dans le cadre du projet pilote est de 20 ans après la dernière prise en charge.
La durée de conservation des données de la base DeepSarc dans le cadre du catalogue du SNDS est alignée à celle des données du SNDS, c'est-à-dire une durée de 19 ans en plus de l’année en cours.
Modalités d’information des personnes concernées
Information individuelle :
- information individuelle de l’intégration des données dans la base nationale du réseau NETSARC+ remise par le pathologiste qui effectue la double lecture et par le clinicien / centre de prise en charge qui discute le dossier en Réunion de Concertation Pluridisciplinaire (version papier ou électronique transmise avec le compte-rendu).
Information collective :
- en ligne sur le portail de transparence des sarcomes du réseau NETSARC+ (réseau de référence des sarcomes) : https://expertisesarcome.org/espace-patients/adultes/
Exercer ses droits
Pour exercer ses droits, vous pouvez contacter le délégué à la protection des données du Centre Léon Bérard :
- par courrier :
Centre Léon Bérard
28 rue Laënnec
69373 LYON Cedex 08
- par email : dpd@lyon.unicancer.fr
Vous pouvez également contacter :
- le médecin qui vous prend en charge, qui informera le responsable du réseau de référence et de la base de données NetSarc+ ;
- le responsable du réseau de référence et de la base de données NetSarc+ au Centre Léon Bérard à Lyon, qui peut être contacté à cette adresse : netsarc@lyon.unicancer.fr, ce qui implique la transmission de votre identité au Centre Léon Bérard.