Cartographie des pathologies et des dépenses, version G12

La méthodologie est disponible et mise à jour sur ameli.fr et a été décrite dans un article scientifique pour la version G8 (Rachas A et al. The Economic Burden of Disease in France From the National Health Insurance Perspective: The Healthcare Expenditures and Conditions Mapping Used to Prepare the French Social Security Funding Act and the Public Health Act. Med Care. 2022 Sep 1;60(9):655-664).

En synthèse, les algorithmes ont été développés à partir des informations médicales disponibles dans le SNDS, avec un recul pouvant aller jusqu'à 5 ans. Plusieurs pathologies peuvent être identifiées chez un même patient. Les "hospitalisations hors pathologies repérées" concernent les personnes ayant eu au moins un séjour en MCO pour une raison autre que celles prises en compte pour les pathologies identifiées par ailleurs. Pour les maladies cardiovasculaires, les cancers et l'insuffisance rénale terminale, des algorithmes exclusifs identifient différentes « phases » d'une même maladie afin de distinguer les dépenses liées au traitement actif ou aux soins aigus de celles d’un suivi à long terme. 

La première version des algorithmes a été développée en 2012, avec l'aide d'un expert en codage, d'un épidémiologiste, d'un médecin conseil de l'Assurance Maladie et d'échanges avec d'autres experts. Tous les algorithmes ont été soumis à une relecture critique par des cliniciens, des épidémiologistes et des experts en codage, réalisée par une équipe de recherche (rapport disponible sur Ameli.fr).

Plusieurs défis ont été rencontrés :

• Définir des algorithmes spécifiques de chaque pathologie tout en conservant une homogénéité et une cohérence globale
• Rassembler tous les algorithmes dans un outil unique, intégrant également le rattachement des séjours hospitaliers aux pathologies pour y affecter les dépenses correspondantes. Cela permet de s’assurer que certaines requêtes du PMSI soient les mêmes pour repérer les pathologies et identifier les séjours en lien avec ces pathologies. Cette contrainte explique pourquoi certaines requêtes sont scindées en plusieurs sous-requêtes.
• Traiter un gigantesque volume de données pour repérer toutes ces pathologies
• Maintenir à jour et améliorer les algorithmes au fil du temps.

Il s’agit de la version G12 pour l'implémentation R mise à jour en janvier 2025

Pour lancer les algorithmes sur le portail de la CNAM il suffit de :

• Lancer sa session Rstudio normalement depuis la plateforme CNAM en se plaçant dans un dossier/projet R
• Créer un fichier R à la racine du dossier/projet R - peu importe le nom donné à ce fichier - et y copier l'intégralité du contenu installation_hepaviralgo.R puis de le lancer. Ce programme va créer toute l'arborescence et le contenu des fichiers présents dans le dossier algorithme.
• Lancer le programme principal hepaviralgo.R en choisissant le phénotype d'intérêt, les années d'intérêt, et en ajustant éventuellement le seuil de détection selon l'objectif souhaité (afin de calibrer précision, sensibilité et spécificité désirées) Ce programme crée alors deux résultats : l'ensemble des scores de probabilité de pathologie pour l'ensemble des individus étudiés, et surtout la création des BEN_NIR_ANO correspondant à la cohorte finale d'intérêt

Pour les personnes intéressées par le fonctionnement du projet, le script hepaviralgo.R consiste lui-même en l'appel à des fonctions issus de deux programmes :

func_oracle.R comprend toutes les fonctions permettant d'importer les tables Oracle du SNDS, de les joindre puis de les formater en une table unique utilisable par les algorithmes de machine learning. Plus précisément l'objectif est de créer une table unique par année, donnant le décompte de chaque événement durant l'année.

fun_predictions.R applique ensuite simplement les poids des modèles XGBoost estimés (via les données HEPATHER-SNDS) aux bases annuelles précédemment créées. En raison de non disponibilité du package à la bonne version, le modèle implémenté est uniquement une régression linéaire à ce jour.

Merci de bien vouloir nous remonter d’éventuelles erreurs constatées, ou des propositions d’optimisations de codage ou d’évolution. Nous essayerons de les prendre en compte, sans toutefois pouvoir nous y engager. 

Les programmes et référentiels ont été réalisés par les auteurs sus-cités. Les algorithmes eux-mêmes ont été constitués au fil des ans par les auteurs et d’anciens membres de l’équipe de la Cartographie, en lien avec les experts et la communauté du SNDS en général. Nous remercions en particulier le réseau REDSIAM du travail réalisé sur les algorithmes, qui participe à l’amélioration de la cartographie. Sur les évolutions les plus récentes nous remercions Santé publique France de nous avoir transmis l’algorithme de l’hépatite C chronique, l’IRDES d’avoir partagé l’algorithme « lésions médullaires » que nous avons adapté et l’INCa pour les algorithmes « cancers » dont nous nous sommes inspirés et le maintien à jour des listes de médicaments anticancéreux. Enfin, nous remercions l’équipe Inserm U943 pour le maintien à jour de la liste des médicaments spécifiques de l’infection par le VIH.

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La documentation décrivant la méthodologie de la cartographie est disponible sur ameli.fr.